王恕带给章子俊的私信内容全是当前西南的事，还有广西巡抚，云南巡抚，广东布政使的私交，就是说这个文华殿大学士是吾王恕给你争取来的，有了这样一个职称后，加上都察院右副都御史的实职，前去广西办差，地方上才能给你一路亮灯。再有王恕在成化十二年曾在云南任职共九个月，有经验在前。你就大胆地前往，朝廷有吾在帮你。
成化十二年1476年，大学士商辂等认为云南离京城远在万里，西边控制诸夷，南接交趾，而镇守太监钱能贪得无厌，便商议派遣有威望的大臣为巡抚镇守云南，于是改王恕为左副都御史前往，到云南后即升为右都御史。当初，钱能派指挥郭景到京师奏事，称安南捕盗兵擅自进入云南边境，宪宗立即命令郭景去送诏书以示告诫约束。按旧制出使安南必须从广西走，而郭景径直从云南前往安南。钱能托郭景送给安南王黎灏玉带、宝绦、蟒衣、珍奇诸物。黎灏遣将率兵护送郭景回来，即要开辟从安南到云南的通道。郭景害怕有后患，假称先行以告诉守关者，因此脱身回来，他扬言安南寇来了，关卡戒严。黔国公沐琮派人告谕安南将军，安南军才返回。而诸臣害怕钱能，隐瞒不向朝廷奏报。钱能又多次派遣郭景以及指挥卢安、苏本等勾结干崖、孟密等土司，接受其无数金子宝贝。王恕查访到这些情况。派骑兵去抓郭景，郭景畏罪自杀，王恕接着弹劾钱能私通外国，按罪当斩。宪宗下诏派刑部郎中潘蕃去处理。钱能又在这中间，以驿车向宪宗进献黄鹦鹉。王恕要求禁绝行贿，并将钱能贪婪残暴罪行全部揭发出来，说道：“以前交趾由于镇守官员任用不当，致使一方陷没，现在这件事的危害性就很甚。陛下怎能为顾惜一个钱能，而不以安定边境为重。”钱能十分恐惧，急忙托宪宗身边所宠幸的人向宪宗要求召还王恕。而当时商辂、项忠等正直之士都由于与汪直意见不合被罢免，朝廷于是改任王恕掌管南京都察院，协助守备处理机要事务，弹劾钱能的事立即化解，潘蕃因将调查钱能收贿的事实报上，宪宗却搁置不问而收场。