而在得知了华东政*府的情况之后，罗马教廷虽然被气得七窍生烟，但却一点办法都没有，因为现在华东政*府的教徒们都满足于这样的自娱自乐，教廷又能有什么办法，至于武力征服，教廷早就没有那个力量了。
于是这次在北京，华东政*府也是依法炮制，首先对部份平时作恶较多，北京的民忿较大的外国传教士当然是进行惩处。其实从总体来说，外国传教士的道德水平还算不错，毕竟都是宗教人员，道德水准也要比一般的外国人高出一点，在平时也做过一些施粥舍药，收养孤儿之类的善事，虽然外国传教士收养孤儿的主要目地还是为了从小培养教会的信徒，但毕竟是挽救了生命。当然，由于清廷的无能，外国传教士也会利用自己的身份，为自己争取一些利益，或是为方便传教，使用一些特权，但总体来说，其实还不算太过份。
当然害群之马在那里都有，何况外国传教士在中国享有其他地方所难以启及的特权，因此也难免会有人用来为非作歹，危害乡里。不过这些情况北京办事办己经做了相当多的工作，在平时己收集了部份品行不端的外国传教士的大量证据资料，这时自然是新帐老帐一起算了。最终华东政*府共计抓捕了12名民忿较大的外国传教士，并又驱逐了21名外国传教士。
随后宣布所有在北京的外国传教士、教堂都必须向北京政*府的相关机构办理相关的手续，申请资质证书和教士资格证，教堂才能组织举行宗教活动，教士才能从事传教活动。同时华东政*府又从山东等地调来一批本土培养的教士，任命他们去主管北京的各个教堂，虽然在每个教堂里只有2、3个人，但他们的背后有华东政*府的支持，当然没有人敢反对，而且教堂的事务也没有那么复杂，很快就能控制。
何况外国传教士的人数其实也不多，一般的教堂也就是2、3人，有的甚至只有一个人，而大部份教徒还是中国人，他们对新来的教堂管理者到并不排斥，毕竟都是同胞。虽然不少外国传教士拼命向中国教徒灌输新来的教堂管理者不是真正的主的信徒，因为他们没有得到罗马教廷的授权，但对于绝大部份中国教徒来说，官府的授权要比罗马教廷的授权有用得多，毕竟罗马教廷在那里并不知道，但官府就在在自己的身边。
于是仅仅只过了几天的时间，华东政*府就将北京的教会进行了一次重新大洗牌，并且基本将北京的教会控制在自己手里。并且没有引起多少波澜。