这一次再次显示了李鸿章的作用，而且由于荣禄己死，因此清廷也对军机处进行了一次大调整，庆亲王奕劻仍然担任军机领班，而李鸿章升到第二位，满军机中，又增补世续进入军机，汉军机则调整较大，免除了王文韶、赵舒翘两人的军机大臣之职，而补鹿传霖、瞿鸿禨两人进入军机，这样仍然保持４满４汉的平衡局面。
荣禄的死使满军机少了最有份量的一个，虽然补了一个世续进来，但无论是资历、能力、威信都远不如汉军机，尽管人数相同，但天秤却是倒向了汉军机的一边，因此必须对汉军机进行调整，李鸿章是首先不能动的，张之洞不仅是朝廷重臣，而且还有牵制李鸿章的作用，也不能动，只好拿下王文韶、赵舒翘，而补进鹿传霖、瞿鸿禨这两个资历较浅的人，免强还可以维持平衡。
可以说慈禧的这一番动作确实是用心良苦，而李鸿章也苦笑不语，反正这时张佩纶夫妇己经在盛宣怀的帮助下，在青岛正式投资了50万白银，成立一座纺织厂，算是绑上了海外华人，而在清廷这边，还有袁世凯，因此自己只要再熬过几年，一闭眼就不管事了。
淸廷算是免强挺过去了这一次，但爪哇护侨行动所影响的决不是只有清廷，对远东地区的各国也都纷纷评估这次事件所造成的后果，以及本国的行动。
首先是俄国认为华东政府的护侨行动对自己有利，因为在这次事件中，英国显然是站在荷兰一边，和华东政府对立，而从结果来看，是以荷兰让步结束，英国的干涉似手并没有起到什么作用，而俄国却从中看到了机会，认为这正是分化华东政府、日本、英国这个反俄合作的大好时机。
于是俄国立刻向华东政府频频释放善意，通过青岛领事馆，向华东政府表示，在爪哇问题上，俄国支持华东政府的立场，可以帮助华东政府对抗英国，并且希望和华东政府、清廷重新谈判解决东北的撤军问题；还一再强调，俄国对中国的领土没有野心，只是需要解决一些撤军的细节，还有在东北的俄国商人安全利益问题，只要是解决了这些问题，俄国会立刻从东北撤军。
俄国的盘算是，只要谈判一开始，就可以分化华东政府和日本、英国的合作关系，而且就算华东政府、日本、英国的合作关系不破裂，但这一谈起来少则6、7个月，多则年余，这段时间內华东政府是不会参与日本的军事行动，这就给俄国赢得了足够的准备时间。
不过华东政府的回应是：爪哇问题己经圆满解决，华东政府和英国政府沒有矛盾，双方之间仍然保持良好的合作关系，并且一口回绝了俄国重新谈判的要求，坚持要求俄国尊守【东三省交割条约】的规定，无条件从中国东北地区撤军，绝不会重新和俄国展开谈判。但华东政府却要求和俄国进行旅顺的商业谈判。