如此这般，石秀在执掌仪鸾镇抚司权柄近十五六年的时间里，缉捕审讯、定罪诛杀，包括受牵连身死者便达三四千多人。这个数字固然远远不及明朝以猛治国的朱元璋、朱棣爷俩当政时所杀的官吏，但石秀只是以萧唐亲信宠臣的身份大肆缉捕肃清，从重从快的手段忒过激进，其中也就难免会有些冤案...在官僚集团看来石秀又何尝不是权焰熏天、胆大妄为？
既已惹烦众怒，且石秀虽然多少年来一直对萧唐忠心耿耿的执行着自己的使命，可也并非是清白到没有任何把柄被人拿住。朝中甚至也有御使与众臣子联名弹劾石秀权柄过重、结纳党羽、亦曾冤杀错害官僚性命，恳请将石秀罢黜定罪，以平众怒。
明知石秀有萧唐撑腰，且上疏所弹劾举列的罪状对于皇帝宠臣而言也是无足轻重。但仍有不少朝臣一并上书摆出副死谏的架势，这也能看出代表着仪鸾镇抚司制衡官员派系的石秀，与众多文官之间的矛盾已处于无法调和的地步。
萧唐当然不可能因朝中官员的弹劾便废黜自己的心腹兄弟，可是赋予石秀仪鸾镇抚司的权职，本来就是在打下天下初期做出的特殊抉择。随着时局的日渐稳定，而仪鸾镇抚司权力之大又独立于国家司法体系外，如今不但以激起被制衡的文官集团激愤之情，长久下去不加节制，也必然会导致弊端丛生，如今看来，也是时候抑制下仪鸾镇抚司的权势了......
大内皇城御书房内，石秀再度蒙萧唐宣见，彼此推心置腹的长谈一番过后，石秀思付片刻，也仍是开诚布公的说道：“陛下...微臣当年便曾说过，要做大事的人，哪怕有些不愿做、不想做的事，也势必要做。既恁的，微臣便做陛下手中的刀，不便做的事，就由微臣来做。而如今陛下带领我等众兄弟已经成就大业，毕竟打天下易、守天下难，身为一国帝君更须杀伐果断...而如今陛下若是觉得已是时候收刀入鞘，微臣自当奉命，也绝不会有半句怨言。”
萧唐感然望向石秀，蓦的长叹一声：“三郎你说愿意做我手中杀人的刀，而这把刀若是动用得多了，也难免遭到朝中臣子的忌恨，可他们终究是不敢追究这把刀到底是为谁所用的。都说天子一怒，伏尸百万、流血漂橹，帝王心术为谋全局、谋万世所下的一些行径，也不免为世人非议诟病...我等就算如今君臣身份有别，可兄弟情分仍是肝胆相照，这些年来实则是兄弟你替我担下了许多骂名，我又如何不知？虽然这把刀是时候收入鞘中了...可我身边也仍少不得你这好兄弟。”
眉宇间向来带着股果敢狠戾气的石秀微微一怔，蓦的只觉一股暖流在心中涌动，过了半响，他面露实诚欣慰的笑意，随即感然说道：“当初有幸能与哥哥聚义，我便已情愿以性命相托，水里火里，纵死无憾...时至今日，而哥哥既然仍用得着小弟，我仍在身边伏侍，无论君臣与兄弟情义，始终不渝......”
两日后，石秀主动上书请求免除其仪鸾镇抚司主管职事，萧唐当庭准奏，并将石秀调任至宫廷内务府统虞司赴职。只是石秀虽然主动选择辞去仪鸾司要职，也仍有朝臣不肯罢休，仍进言彻查石秀过失定罪。而萧唐却只一句话便将执意要治石秀罪责的官员给顶了回去，且非是按皇帝授意朝中臣子的口吻，倒更似是当年在水泊梁山时为兄弟撑腰的聚义哥哥的口气：“谁敢动三郎，便是与朕过不去！”