大明朝实行的省、府、州、县制，登州归属山东承宣布政使司，洪武九年登州由归属莱州府之下的州升登州府，治蓬莱，辖宁海州、蓬莱县、黄县、福山县、栖霞县、招远县、莱阳县和文登县，自此形成东登西莱的局面。
天启元年设登莱巡抚于此，登莱巡抚袁可立曾在此操练水师，登莱成为关防重镇。
登州升州为府的原因：时以登、莱二州皆濒大海，为高丽、日本往来要道，非建府治，增兵卫，不足以镇之。”
山东半岛三面环海，拥有长达约二千五百公里的漫长海岸线。漫长的海岸线及其东突入海的地理环境使得山东的海防极为困难，极易成为倭寇袭击的对象。在本明山东六府中，登州、莱州、济南和青州四府辖有临海区域。
山东自兖州、东昌而外，其当大海一面之险者，济南东北境也；当两面之险者，青州府北及府东南境也；当三面之险者，登、莱二府之东、南、北皆以海为境也，所以特别容易受到来自海上的攻击，倭患特别的严重。
元末明初壹岐岛、对马岛又是倭寇盘踞的巢穴，对于倭寇而言，从日本出发，轻易就能渡海到朝鲜半岛，然后再渡海到山东等地登陆，转掠大明沿海，此条路线在当时航海条件下无疑是安全度最高、成本最低的选择，故山东成了首当其冲之地。
至明初情况更为严重，倭寇借明初江山动荡不稳，从太祖朱元璋二年开始就频繁劫掠山东，浙江沿海，倭人之患愈烈。
海防已经成为关系大明之初政权稳固的大问题，太祖皇帝朱元璋在此建立十一卫、六所。
但山东都司要管的地方很多（还管着辽东，整个东北地区），都指挥使司工作繁多，己造成无暇顾及海防之态，于是成祖于永乐六年在登州水城增设了备倭都司，以统领山东沿海卫所诸军，抗击倭寇，山东海防也因此逐步完善，最高指挥官为登州总兵。
成祖朱棣先后在即墨、登州、文登三地组建了海防守备三大营：即墨营、登州营和文登营。
海防三大营各有具体的防务范围，即墨营协防大嵩、鳌山、灵山、安东4卫，登州营协防辖登、莱2卫和青州左卫，文登营协防宁海、威海、成山、靖海4卫，三大营的建立有效的增强了山东海防力量，三营之间相互支援，形成区域战斗力量，不再是单打独斗。
名人周如砥所说:“永乐间，又立即墨等三营，以分控二十四卫所，故其建营之地与所控制之卫所远近相均。（大约二百里）
山东备倭都司全称为“总督登莱沿海兵马备倭都指挥使司”，设府衙于登州水城。
登州水城是天然的防护港且地势高，进可攻，退可守，游刃有余，且有内陆卫所防护，可以称为抵御海上敌人的山海关，山东备倭都司是山东都指挥使司的下属军事机构，是行都司，下辖三营二十四卫所，一开始归山东都司管，后没登莱巡抚后，改归登莱巡抚管辖。
登州这里是行都司，比都司低了一级的，所以就连他这位总兵也算是低了一级，他是地方级的总兵，而刘泽清则是省一级的总兵。
其实现在大明的总兵，他是相当于后世司令一一样的头衔，意思就是市军分区司令，大市军区司令，省军区司令，郑芝豹相当于大市军区司令，虽然不及刘泽清那么牛逼，但是因为他所掌管的地方算是独处一方的，独霸区域的，所以说势力也都相当的大，可以跟对方相抗衡了，只是它上面有巡抚在直管着，不是自己完全当家，当然刘泽清上面也有人管，也飞不了天。
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