傅良奇来两广前对卫生防疫状况是有“充分的心理准备”的，但当他看了之前几位元老的报告后才发现，在尚未全境平靖的两广地区执行防疫工作要面临重重困难：哪怕这种工作的范围仅仅局限在部队里。
两广地处亚热带，气候湿热，密林丛生，而且地形比较复杂，非常适合有害医学昆虫、动物和微生物的孽生繁殖，蚊蝇虻蚋、蛇鼠蚂蟥到处都是。小冰期并不能使这里的夏天变得舒适和卫生。
傅良奇从这前线的报告里总结过，准治安区的疾病谱主要是疟疾、细菌性痢疾、钩端螺旋体病、斑疹伤寒、恙虫病、虫媒病毒病、寄生虫病一类，大抵还是感染性疾病，而且疫情都非常严峻。从自然环境上来看，明末的广西简直是个“湿热病虫害”五毒俱全的病源库，在遭逢明末乱世的大背景下，这些问题只可能更加严重。治安战期间，前线部队经常需要旷日持久地追剿残匪，虽然战斗烈度不高，但体力消耗却并不小，再加上吃穿用度不比后方，人员抵抗力出现了显著的降低。虽然已经在全力执行戒严制度，但毕竟元老院在准治安区控制力度不强，人员流动性大，作战部队又不得不经常进入自然疫源地和疫区作战，传染源控制起来非常困难。
在正式介入两广之前，林默天曾经申请头批支前，跟公共卫生口的几位元老搞了一点卫生侦查工作，大致搞清了准治安区的卫生情况、传染病谱、地方病流行情况和水源水质情况。其实结果也并不出乎意料，最主要的还是肠道传染病和疟疾。由于无处不在的运力问题，消杀灭药械并不是随要随有的，又没有充足的疫苗，林默天只能搞了些权益的办法，比如借鉴旧位面解放军的经验，搞了一套“三打两分一保管”的制度，也就是“炊事员专人打饭、打菜、打汤，分水洗手、洗碗，碗筷自行保管”；又如专门给炊事员安排了统一查体，重新筛了一遍相关病史；或者用更加密集的宣传教育攻势强调常规的饮用水消毒和禁止喝生水之类，为的就是防止肠道流行病的爆发。
但是仗打起来就往往顾不了那么多了。成千上万的小部队分散在全省作战，即使在县城里的卫戍部队的条件也好不到哪里去。执行清剿和巡逻任务的时候，食宿条件就更谈不上了，制定下发出来的卫生防病措施大多是一纸空文。即使是前线卫生制度整顿之后，傅良奇面临的情况仍是如此。
以疫情最不乐观的细菌性痢疾为例，由于药品不足，对患者的救治难以及时完成，不但产生了伤亡，还积存下来了相当数量的慢性患者，成为部队细菌性痢疾继发感染的隐患。归营途中的条件就不说了，互相接触传播根本就是无从避免的事情，回到营区后又只能隔离少部分患者，大量的患者无法隔离，很容易出现再感染和疫情蔓延。
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