各部番号正式确定后，将从现在的驻地调防，军部初步估算，全部调防完毕最少需要半年时间，因此当前主要是五大主力的整编和调防。
军队调防不是接到命令就启程这么简单，还牵扯到家属安置，营地交接、防区整顿等琐事，并且需要调防的各镇大多是步兵为主，受交通道路限制，难以短期集结完毕。就如现驻扎在金厦的胡启立部要调防至安庆，上千里路程下来，光靠脚板底走，就够胡部喝一壶的了。
五大主力整编方案出台后，最高兴的人无疑就是葛老六了，因为他江北军的四个镇有三个被定为甲级镇，且新一军和新二军的驻地都在他江淮经略使的地盘，因此他得意洋洋，以为自己现在是兵强马壮，可以一下指挥两大主力。一众老兄弟中，哪个也没他这么露脸。不想高兴没到两天，军部新的方案又出台了，却是取消了现有各军团编制。
因为之前有过军团一级的编制，现在新建军一级编制，难免和军团这一级职能重合，导致指挥系统混乱。所以周士相决定将现有各军团编制一律裁撤，正式恢复大都督府这一洪武年间节制中外诸军事的机构。
当日从广州北伐时，周士相用的就是大都督的名义，只是却没有恢复大都督府，而是一直以齐王府和军部来执行大都督府的功能。现在重新恢复大都督府，将齐王府和军部的相关职司并入大都督府，也算是周士相对太平军军政体系的一次整合。
周士相本人出任大都督，下辖五军都督，即中军都督、前军都督、后军都督、左军都督、右军都督。
五位都督的人选分别是中军都督铁毅、前军都督葛义、后军都督蒋和、左军都督邵九公、右军都督赵四海。
五军都督各自负责一块区域，亦称为战区。周士相亲自划分了五大战区，以数字为序，分别是第一至第五战区。
其中第一战区为江苏、浙江、福建三省，由前军都督葛义负责，下辖五大主力之首的新一军、胡启立的新四镇、甘辉的新五镇、耿仲德的新六镇以及两个暂字头的乙级镇。
第二战区为安徽、江西二省，由后军都督蒋和负责，下辖新四军，张勇的新七镇、李本深的新八镇，淾德的新九镇，及魏大龙（浙浑将领）的暂三镇。
第三战区为广东、广西、贵州三省，由左军都督邵九公负责，下辖五大主力之一的新五军，王兴的新十镇、张超的新十一镇、黄四成的新十二镇、塔新策的暂一镇、谭诣的暂二镇、犹三品的暂三镇、黄元才的暂四镇等。
第四战区为湖南、河南二省。由右军督赵四海负责，下辖郭登第的新十镇，以原湘西剿军四镇改编的两个乙级镇、两个丙级镇。
第五战区暂未划定辖区，由中军都督铁毅负责，下辖新二军和新三军。
新二军的驻地暂时在扬州，新三军则在苏州。两者驻地都是在第一战区内，不过却不归负责第一战区的葛义指挥，原因是因为周士相只是将北上辽东的计划暂时搁置，却非就此放弃。等到朝堂和军队整顿完成后，周士相仍欲北上辽东，届时新二军和新三军这两支主力军就是北上辽东的主力。
从防区职能上看，各战区不但是负责辖区内的武装力量，更要承担相应的使命。
第一战区和第二战区都位于对清第一线，显然，将来是要集中两个战区力量北进的。未来这两个战区的太平军可能都要移驻北方。
第三战区当下的任务则是收复云南和为进军川陕做准备，未来，第二战区很可能承担西北地区，甚至要肩负占领藏区和哈密等地的任务。
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