广东廉州海安所和琼州隔海相望，自太平军占领全粤后，便在此修建军港，成为广东水师继珠江黄埔港之后的第二个大军港。远征军水师统制官吴远在此设立了水营副将，广东巡抚廖瑞祥也派遣使者接收琼州府，得儋州、崖州、万州等三州十三县，计得丁口六万七千余人。岛上原有抗清义师四千余人被悉数整编为琼州保安团，负责招讨岛上不服王化的少数民族，并围剿海盗窝点，负责地方治安。因不愿被汉人管辖，岛上黎族不断起事，数支黎族武装活跃在五指山一带，琼州当局两次围剿失利，不得不行文广东巡抚衙门请派兵马支援。
广东方面立即派出驻于雷州的一支太平军新建镇的两个旅搭乘广东水师战船渡海，经过长达四个月的围剿，终成功将黎族武装镇压，随后琼州府执行“改土归流”，于原黎族地区设太平州管治。将两万多黎民从山区迁至交通便利地区，建村设乡，教习耕种。
年初，因为广东和安南的贸易，尤其粮食运输量的加大，留守大学士兼任两广总督的宋襄公特令广东巡抚衙门、琼州地方及广东水师在临高建军港，作为安南和广东航道的中转站，从此形成两个航向，一是安南的鸿基至广东的徐闻，二是安南的广宁至临高再至前山寨珠江。另外，宋襄公鼓励广东商人同海外贸易，因为暂时无法和吕宋等地进行大规模贸易，广东商人的目光便都集中在安南一带。
两条航道的开辟保证了远征军从安南得到的大量粮食和资源能够快速运往广东，但同时，这两条航道的繁荣也吸引了活跃在南海的海盗目光，使得广东水师不得不将重心转向对海盗的围剿任务中。经过一系列的围剿，猖獗的海盗活动得到有效遏制，但却不能彻底根治，这主要是因为海盗的窝点在茫茫大海中难以发现，二来是海盗改变了策略，不再袭击太平军的运粮船只，而是专门袭击没有兵船押送的贸易船只，得手之后便立即潜逃。往往等到船商报讯被劫时，海盗早已无影无踪。
广东水师的主力都已编入远征军，留下的船只只能执行近海作战任务，故远征军水师统制官吴远成立了一支水师陆战队，全员配以火铳，震天雷等火器，以分队为编制投入商船护航。当然，所需花费都是船商承担，船商则将这部分花费转嫁到贸易的安南人身上，稍稍压低收购价，便足以承担护船的额外花费。
广东方面除了鼓励商人从事海贸外，还有计划的将海商组织起来，一些从水师淘汰下来的战船，甚至现役的战船都折价卖给这些海商，武器方面从火炮、火铳、刀剑弓弩无一不卖。除此之外，还在广州、前山寨等地办了两个船员训练所，专门负责为海商培训出海的船员。这两个船员训练所的训练标准完全是水师战斗人员的训练标配，唯一的区别是这些人将来是民，而不是兵。
有人担心如此武装海商，势必会让海商在日后形成一个武力集团，不利朝廷管辖。只这担心在宋襄公的独断和“武装保船”的理由之下，根本影响不了政策的实施。甚至宋襄公已向南都建议，从广东水师、远征军水师中挑选役满三年的士兵直接转为船员，使得海商的船队在没有水师护航后，也能独力应对海盗的袭击。
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