虽然朱由校知道大明吏治腐败很严重，但他没想到会腐败到这么严重的地步，有兵部官员不但贪墨军饷，还给各类武官职务进行明码标价，明目张胆的卖官鬻爵，甚至有些兵部文官仗着有伤害底下武官的权力，故意篡改底下武官领取的军饷数字，然后诬告说这些武官吃空饷虚报军饷，逼迫这些武官孝敬他们，也有和武官勾结或逼着武官一起吃空饷冒功的。
“大明武官越来越不成器，吃空饷乃至杀良冒功者越来越多，根子就出在管他们的文官身上！传内阁阁臣。”
朱由校说后就把这些兵部文官的供词摔在了地上。
一时，方从哲、韩爌、王象乾都来了乾清宫。
这些人来了后，朱由校就直接把这些兵部文官的供词丢给了方从哲等人：“仔细看看！这让朕以后还怎么信任你们文官？！”
方从哲等人忙认真看了起来。
虽然三阁臣都对这种事早已心知肚明，但现在也不得不表现出惊骇万分的样子来。
“陛下，这也太骇人听闻了，这些人怎么如此没有忠义廉耻！”
韩爌甚至最为激动地先说了起来。
“陛下，这事实在是匪夷所思，臣实在是闻所未闻！想不到我文臣中竟有堕落到如此地步者！”
方从哲也说了一句。
“陛下，臣不得不说，这样下去，兵政焉能不坏！”
王象乾也感慨了一句。
……
“吏治腐败的太严重，不能不用重典！重彰太祖之法，皮肤当加重，贪污六十两白银以上者，腰斩，剥皮实草，籍没家产！六十两以下者，斩立决！籍没家产！这次所有贪墨官员都这样处置。”
朱由校这时候说了起来。
而三阁臣听后都十分惊讶。
方从哲也不得不承认陛下这样实在是太狠了点，也就问道：“陛下，这次兵部几乎大部分官员都涉嫌贪墨，以臣刚才看了口供所知，除了兵部左侍郎徐光启与刚从知县任上调进京的兵部主事孙传庭外，皆贪墨，这无疑是窝案了，真要全部杀掉，那兵部几乎就没人了。”
“正因为是窝案，才要严办！一个部衙的人贪污腐化到这种地步，不尽诛之，其他部衙是不是也会认为只要上下其手，窜通贪墨，就不会有事？不能让其他部衙的人心存侥幸，要以儆效尤！都杀！兵部没人，就立即安排人，朕就不信天下还缺当官的人，另外，把兵部的职权得分出去一部分，权力太大了！”
朱由校咬牙说着以后就道：“既掌着天下武官考选与升降，又管着军饷调拨，还有兵事指挥，没有制衡，以致于贪污得肆无忌惮！立刻拟旨，重彰祖法，还武官考选与升降以及指挥之职能于五军都督府，五军都督府下设武选司与军机司，兵部只留车驾与武库两司，添设一财库司，负责军饷发放，另设一训练宣教司，负责兵马训练事与边防宣教！”
内阁阁臣们都没想到皇帝陛下会借此机会夺兵部之权。