总兵力三万五千人，一万五千水师，两万步兵。海战时，步兵亦可使用火铳、弓箭，甚至接舷作战。
辅明侯林察令副将王兴、余龙各领百余艘哨船、海沧船、鸟船、快船分列两翼；自己带着五十艘一号、二号大福船和五十艘快船列中央；将各种其他船只列于阵后。
舰队行至舟山群岛大磨山岛、小磨山岛前方海域，黄斌卿的舰队出现了。
他的舰队亦有两百多艘各类战船，其中有大号福船四十艘，兵力两万。
“敌袭！”
坐在哨船刁斗上的双方了望兵，均发现了敌人。
“准备战斗”，林察的旗舰升起了信号旗。
忠勇侯杨怀第一次见识海战，有些紧张：“辅明侯，敌我态势如何？”
林察自信地一笑：“大帅放心，吾军的船队训练有素，各队之间，距离适中；而敌人的队列却乱糟糟的，看来没打过大仗。据说这黄斌卿见了鞑子就跑，只会做些海盗的勾当。今日观其列阵，果不其然”。
杨怀放下了心：“那敌我炮火对比如何？”
“我军战船借鉴了红毛夷双层夹板设计，每艘福船的火炮数量都比同类型敌船多，火力远超敌军”。
“打海战，本帅是外行，吾就在这旗舰上，坐观辅明侯指挥破敌”。
林察也不推辞，一条条信号旗有条不紊地挂起。
明军排的是左、中、右横队，黄军列的是前、中、后纵队。
黄斌卿令大将陆玮领八十艘船打前阵；自己率百余艘船居中；大将朱玖率八十艘船居后。
黄军的战船多是老式战船，只在船头装了大炮，船身多未装大炮。明军的战船因为采用了双层甲板，所以安装了很多能拖动的舷侧炮。
见黄军的前队突进得很靠前，林察微笑，战机来了。
令王兴、余龙平行包抄黄军前队陆玮部，自己的中阵不动。
陆玮见两翼的明军平行向己方驶来，还以为明军想和自己打接舷战，大喜。他看出了明军的火炮多，双方对轰，于己不利。接舷战是己方最好选择。
孰料，明军两翼船队驶至和陆玮船队平行位置后，并不接舷而战，而是用舷侧炮轰击黄军船身，黄军的战船火炮装在船头，只能挨打，不能还手。
林察的中阵，每八艘船一队，逼近陆玮的船队，用船头火炮轰击黄军。
黄军三面受敌，又没装舷侧炮，被打得纷纷起火。
“轰隆！”
一艘黄军战船的主桅杆，被明军红衣大炮射出的链弹砸断。
“轰！”
“轰！”
“轰！”
明军的佛朗机炮射出一枚枚炽热的开花弹，将一艘艘黄军战船打着了火。
“将军，船进水了，赶紧上小船吧”。
陆玮的战船进水倾斜，只好换小舟逃生。
黄斌卿的眼睛瞪大了，端着千里镜的双手有些颤抖，才一会儿功夫，自己的前队就损失过半了呀！
此时不是心疼的时候，黄斌卿咬咬牙，下令后队跟上，全军突击。
林察的笑容愈发灿烂，“变阵”，沉着地吐出了两个字。
见旗舰打出了“变阵”的旗号，中阵的明军船队，纷纷转舵，由纵队变横队。一百多艘战船，分成前后两队，以船身对敌，用舷侧炮轰击黄军。他们的目的是挡住黄军的前进方向。
再翼的明军王兴、余龙部，依然取平行方向，包围黄军。这一次的口袋比刚才更大，林察打算一口吃掉黄斌卿。
黄军的中队，有少数船只也装了舷侧炮，但数量很少。
两个时辰过去了，一艘又一艘战船起火。黄军的损失远高于明军，黄斌卿见势不妙，下令掉头撤退。
黄军的火炮多装在船头，一掉头就成了待宰的羔羊。
林察再次下令变阵，中阵的百余艘战船由横队又变回纵队，追击黄军。
“轰！”
“轰隆！”
黄军大将任颖眉的战船火药库被引爆，连人带船沉入海底。
黄部溃不成军，想依靠大磨山、小磨山炮台抵挡明军。
此二处各有守军数百，又岂是数万明军的对手？
杨怀下令步兵登陆，攻占大磨山、小磨山炮台，须臾，此二处便挂上了“靖”字旗。
看着一艘艘断了桅杆、风帆，停在海上的黄军战船。
林察叹了口气：“此皆吾大明袍泽啊，让他们投降吧！”
是役，歼灭黄军六千人，招降七千人。
黄斌卿逃回舟山后，残部仅剩五千。正欲死守舟山城，半夜，沈家门守备黄毓祺引明军从沈家门登陆，直扑舟山城。舟山标将黄大振，打开城门，放明军入城。
厮杀声很快平息，黄斌卿、陆纬、朱玖诸将，皆做了明军俘虏。
明军主帅忠勇侯杨怀冲黄斌卿一笑：“肃虏伯，写信招降汝散居各岛的部下吧，可免汝一死”。
黄斌卿无奈，写好了招降信。
金塘山岛、大谢山岛、小谢山岛、双屿岛、东屿岛、翁洲、岱山岛、大衢山岛等各岛守军皆降。杨怀、林察收编黄斌卿残部，得大小战船百艘、军士万余人。
舟山，落到了朱亨嘉的手里。
盘踞在普陀山岛、落伽山岛上的鲁监囯部下定西侯张名振、荡胡伯阮进、平西伯王朝先、张煌言等人，还没搞明白怎么回事，舟山城已经挂上了“靖”字旗。
定西侯张名振劝鲁监囯占据舟山，以窥天下形势的计策，还未实施，就已经破灭了。
朱亨嘉下令将黄斌卿等人充军四川。