作战计划下发后，第一旅团便磨刀霍霍。与此同时，居住在台北卫各地的野人土著民收到了明军的通知，命令这些部落即刻派员同就近明军接触，接受明军指挥，登记户口黄页，并领取他们的身份证明。
身份证明为一纸写有姓名，年龄，籍贯地址的黄纸，基本和明朝百姓所持有的黄页相同，但却多了一个民族栏目。
根据魏公公的指示，民族一栏统一填写为汉族。即凡自愿接受大明统治的部落，无论之前是什么番，什么人，从今往后一律为汉人。
成为汉人后，土著民便享受明军的保护，也享受皇明百姓所享有的一切待遇，同时也承担向大明纳税的义务。
福建巡抚黄承玄听说此事后，颇有疑虑，致信魏公公称野人土著民不服王化，不懂汉字，不说汉话，其部落又大小数十个，习俗更是不同，若强硬将他们定为汉民，使他们改姓改俗，是否会激起土著民的反抗，凭添无谓伤亡？
黄中丞意不若以所在地区为民，称何地人，如住高山之上便为高山人，住丘谷之中便为丘谷人，只要他们不强硬反抗官兵，便可视情况给予一些尊重和照顾。这样想来不但可以得到土著民的支持，也能不致朝堂弹劾。
魏公公却道：“今岛上汉少土多，土汉矛盾又积百年，此我三省联兵登岛，便为永久纳台湾于我皇明版图之内。如此，则岛民必须尽使其服我明治，教其汉话，汉俗，使岛民尽如我汉人一般，此才为长治久安之道。
否则，他日若有动荡，则尽曰我非汉人，与尔汉人非同宗也非同种，汉人乃是外来者，东番之地非中国所有，鼓噪我汉人离岛，必酿叛乱。故不若于初始便定良策，以强硬推行良策，则二三十年后岛上尽皆汉人，尽以汉人为豪，后来者再不复隐忧。”
魏公公称此策为“改土为汉”，黄承玄见回信后联想湖广各地的改土归流之策，遂未再加反对。
“改土为汉”政策首先推行的地区是靠汉民的亲近土著民地区，这些地区的土著民因为和汉民接触交流，婚姻嫁娶，从而得到了汉人耕种的技术，部落生活为之改观。加之又多在台湾沿海地带，知晓海之对面明朝的强大，又见明军大举登岛，晓得大势所趋，所以基本上都愿意遵照明军吩咐“改土为汉”。
各地明军按照大本营的命令，也迅速在沿海地区建立了“村乡所”的地方政权模式，即各千户所下面不设百户所，而设乡和村。各乡又设乡长和村长负责乡村治理，受命于千户所，千户所又受命于卫。乡、村长人选由原有汉民和亲近土著民的首领出落，明军不干涉。
总体上，这是魏公公军民合一的治理思路，适合眼下台湾的实际情况。将来，这种体系肯定是不合适的，军政还是要分开的，但那至少是五十年后的事了。