于是，阮大铖一下就成了东林大佬眼中的“叛徒”，当时二叔还没有彻底压制东林党，朝政大权都在东林掌控中，阮大铖这官哪能做得下去，未及一月就弃官逃回老家了。
也就是此事，让阮大铖彻底和东林党决裂。在崇祯一朝，也始终被东林党压制，始终未能出仕。
不过幸运的是，阮大铖成功从崇祯定下的逆案中脱身，崇祯年间虽没有出仕，但甲申年间靠着马士英的举荐先为弘光朝廷的兵部右侍郎，后晋兵部尚书。
当了大官的阮大铖真是够义气，上任干的第一件事就是替二叔及以二叔为核心的阉党平反。
通过编著《蝗蝻录》、《留都防乱公揭》，阮大铖对东林、复社诸人大行打击。结果没想到，东林党不跟他文斗，直接和左良玉勾结，要通过武装政变发动“清君侧”。
好在左良玉走到半道病死了，不过阮大铖的官也当到头了。同年，扬州城破，南都文武在守备勋戚的带领下向满州投降。
阮大铖没有降清，而是和马士英一同逃离南都，继续抗清。后清军进渡钱塘江，得知马士英因为抗清在太湖地区被满州人抓获，剥皮实草制成“人杆”示众后，阮大铖痛不欲生，遂在清军进攻时投崖殉国，后尸体被清军找到，当众戮尸。时天气炎热，大铖尸体溃烂，生满蛆虫，却无人敢收敛，不知埋在何处。
纵观其一生，虽和马士英一样被世人视为小人，明明是殉国而死，偏成了汉奸，这无疑是个悲剧。
较马士英之死更荒唐的是，明明是殉国而死的阮大铖竟然还被东林党人编起了故事，说什么老当益壮，主动请求随清军南下，又说福建全省一听他的名字就能投降，更和清军比拼体力，爬山时主动在前面，结果爬着爬着突然僵死什么。
活灵活现，如在现场亲眼目睹，连当时的表情动作和语气都描绘的极其生动，把一个小人汉奸的形象写的栩栩如生，可怎么也经不起推敲。
这，恐怕就是身为“阉党”成员的原罪吧。
在降清的东林党人和复社中人看来，只要是阉党的，不但不得好死，死了还要背负骂名，不但背负骂名，更要承担丑角形象。
似乎不如此，便不能显出他们降清的正确和正义性。
阉党成员由此被写成不堪入目角色的还有很多，如弘光朝覆灭时，大臣殉难的有高卓、张捷、杨维桓等人。
其中张捷、杨维桓是东林党人口中所谓逆党分子，也就是从前的“阉党”成员，然而二人均在南京城破时自杀殉国。
做到了生为大明人，死为大明鬼。
尤其杨维桓，是全家老小一起死节，但是他和马士英一样，在阖家死难殉国后竟然被人污蔑为杀妾潜逃而遭乱兵殴打致死。
为何会如此呢。
魏公公认为，这就是笔杆子叫人家控制的后果。
自古以来，谁写史，谁就是老大啊。
黑的给你写成白的，白的给你写成黑的，时间久了，什么都是真的。
正如满州人搞剃发易服一般，颠倒史书同样也能把汉民族的脊梁骨打断。
史断，无有传承。
史黑，无有正义啊。
世上还有什么事，把英雄当成汉奸谩骂，更侮辱一个民族呢。