第二件事就是选派驻守那霸和淡水河的人选。由于这两个地方都远离舟山，随时都可能面临其他势力的侵扰，所以必须有丰富海战经验的战将坐镇，同时两地也即将开展大规模的基础建设，需要一定数量文职人员。
最终毛钰选定达代应为那霸支队首领，徐玉林、毛铮为辅，辖战舰三艘、福船五艘、海沧船十艘和俘虏的日本船十艘。支队2400人负责那霸港口的建设、接纳移民和驻守以及开辟从那霸到平湖和鹿儿岛的贸易航线。
淡水河这边的任务主要是陆地扩张，所以毛钰选择了毛永杰带领两个海军陆战营，沈健农带领一个商船队配合，文骁负责接纳移民。淡水支队共派遣福船六艘，海沧船十艘，侦察快船两艘以及其俘虏的日本船十五艘，支队人选达到2700人。主要任务就是在淡水河根据日本人活动的区域选择合适的位置修建城堡和港口，请教当地土著和外来流寇，依托城堡大量移民开垦荒地。这支队伍如果在海上遇到郑一官的主力自然是打不过的，好在他们活动的区域以前是日本人，而且地处台湾西北部，在北港和西班牙人的活动区域中间，只要行动隐秘一些平时多用日本船伪装，悄悄第弄一个城堡出来不是难事。只要城堡和炮台建设好就不用担心郑一官，至于荷兰人和西班牙人如果用战舰来攻击，舟山前往支援是来得及的。
这两支队伍排出去之后，舟山空出来一半，毛钰随后下令曾立刚在南日岛加大招募灾民的速度和规模。无论是那霸港还是淡水港的建设都需要大量的人手。如今金塘岛和舟山的人暂时不能动。
另外眼下抽调出去的人手必须马上补充，尤其是两个陆战营。毛钰从舟山卫挑选了一些人，让叶流云和郑云峰两人暂时担任营官，整个陆战营则交由孔有德、毛友俊负责。两人的军衔也从上尉升级少校与达代应、毛永杰、尚可喜、耿仲明等人一样。
舟山和金塘岛同样成立了支队，其中耿仲明带领的多是海沧船和侦察船，负责整个舟山大小岛屿的巡逻。同时这个支队也是明面上对朝廷负责的浙江海军。如果那一日朝廷懂了歪心思接受的将会是以鸟船、苍山船等为主灵活的小船，当然这些小船海军衙门账面上是打着欠条的，是毛钰问当地的商家借来的。
毛钰的狠心战力自然还是归尚可喜、毛安等人统领，毛钰六灶杭州或者舟山的时候这些战舰停泊在金塘岛东北方向隐秘港口，一起停泊在这里的还有四艘武装福船，两艘运兵船和八艘武装海沧船。
剩下的福船大部分是用于贸易，海沧船则往来各府县运输粮草和收集、分散商品。