海军方面海沧船损失十二艘，福船损失了四艘，主要都是大陈岛和南日岛后来增援过来的船只，武装上不如海军，训练也不够。尚可喜和达代应等人的战舰破损严重必须尽快修理。
包括战舰和武装商船一共战死将士一千二百五十七人，重伤三百四十六人，轻伤两千六百三十一人。伤亡率达到了三成，主要是最开始牵制郑芝豹船队以及后来穿越东北方向的火线追击郑芝龙和刘香海盗船遭遇了强烈反击，还有就是出了廖罗湾之后为了泄愤追击刘香和郑家海船遭遇的反击。重伤主要出现在与荷兰人的战舰火炮对轰以及围攻郑芝龙的旗舰。
而敌人的损失估计也不会小，除了荷兰人损失了四艘船外，郑芝豹的支队被俘虏了将近二十艘，其余大部分葬身火海。按照郑家船队的平均载员计算至少有三千人。随后在廖罗湾的封堵和追击又至少俘虏了刘香二十七八艘船。郑家的海盗船俘虏的则更多有将近三十艘。如此一来算上被击沉的，郑家至少损失了一百五十艘大小战船，估计连同留守北港的主力战船，郑家剩下的也不到一百五十艘了。其他成功逃离的船只多少都被摧残了一番，修理这些战船将会耗费大量的材料和时间。最关键的是郑芝龙和郑芝豹都被永远留在了廖罗湾。刘香要好一些，大概损失了五十多艘。人员伤亡估计在四千左右。荷兰人逃离的最早，除了战舰的损失，其他逃离的战舰也是破烂不堪，估计将士损失也超过了一千五百人。
仔细算算毛钰除了得到开展之前郑芝龙用来引诱毛钰出站的二十万两白银，也就只剩下郑芝龙放在金门岛两万石粮食和未来记得出售价值五万左右的货物。
按照毛钰的抚恤标准这次又是血亏！这还不包括那些勇敢的将士的嘉奖。幸好经过检查荷兰人留下来的战舰和武装商船修一修还能继续用。
为了纪念这一次的海战，毛钰决定暂时停留在金门岛，那霸支队和台湾支队也在那时留下，准备为这次海战的殉难者举行集体葬礼。之后才是海军和各支队的整编。记下来很长一段时间毛钰不能发动大规模的海战了。而战兵的训练至少徐少半年，最好组织记得办法就是在商队中招募护卫充当战兵，然后新兵和伤兵去商队当护卫。