随后毛钰在归德城内将海军的五个舰队和几个基地做了重新规划和编组并且立即下达各单位遵照执行。
海军衙门设立司令部，驻点舟山。负责整个海军衙门的各种指令发布。毛钰自然就是总司令！司令部直属内卫团一个。
司令部下设作训处、参谋部、情报局、后勤处、装备部。
其中作训部在济州岛、舟山岛、台湾岛分别有骑兵、步兵和海军训练场，负责海军衙门所有的的战兵训练计划的制定和执行。张寿任作训处总指挥，孔有德、尚可喜、文灵为副指挥。
后勤处设在舟山负责全体将士的衣食住行和家属安置以及战后奖励、抚恤等发放。徐玉顺为后勤处副指挥。
装备部负责军队的舰船、火炮、火枪、盔甲、弹药等所有战场武器的研发、生产、列装、维修。孙元化为装备部总指挥，毕懋康、宋应星为副指挥。
参谋部负责战场情报整理分析、作战计划的制定和调整以及战后总结分析。朱之瑜为参谋长，耿仲明兼任副参谋长。
情报局负责国内外海陆军以及其他有关军士的情报收集、整理、分析、汇报、应对等。颜永林为总指挥，董建安为副指挥。
除了舟山和台湾两个基地外，成立北海舰队、东海舰队、台海舰队、南海舰队、太平洋舰队和远洋舰队。
北海舰队管辖区域从流云岛到广鹿岛万里海域。不过日本除了春日山港外全部划出。未来两年的重点是济州岛养马成的建设，要求从奴儿干都司抢夺不少于两万匹战马。完成新兵补充后北海舰队拥有海军4500人，陆战队员3000人。
同时在济州岛成立骑兵训练营两年内训练骑兵一万两千人组建两个骑兵师。文灵为训练基地负责人。
舟山舰队更名为东海舰队，管辖从青岛到洞头岛的广大海域以及黄河、黄河、长江、钱塘江等内河流域。
主要停靠军港将包括舟山、青岛、崇明岛、大陈岛。大陈岛支队并入东海舰队。耿仲明为总指挥，毛安、李守信为副指挥。完成编制后舟山舰队将拥有海军8500人，陆战队2000人辅兵2000人。
舟山岛拟组建两个陆战师，预计总兵力14000人。孔有德、尚可义担任师指挥。下管辖两个炮团，四个陆战团，两个山地团。徐玉林、沈建峰、毛辉、文善等任团长。
金塘岛组建一个内卫独立团，毛赟任团长。包括一个重炮营两个海防营和一个特战营。金塘岛的防卫将相对独立。战兵2000人。
那霸舰队更名为太平洋舰队。管辖太平洋除了其他个舰队之外的广袤海域以及琉球、日本的护航和新大陆的探索。舰队海军4500人，陆战步兵2000人。
台湾舰队更名为台海舰队，南日岛支队并入台海舰队。尚可喜为总指挥，曾立刚、毛承福为副指挥。主要任务保卫台湾岛和台湾海峡的安全以及福建沿海所有内河巡逻以及海船贸易巡查。战兵8500人，辅兵2000人。
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