往南海诸国的远洋航路有泉州和广州两个起点。商船自泉州往东南亚的航路直出海南岛东部的深海“七洲洋”，七洲洋在琼岛万州之东南，即海南岛东面，昆仑洋在“七洲洋之南”。昆仑洋在真腊国外海，从温州往南海诸国，过七洲洋、交趾洋，经占城，由昆仑洋入真腊国海港。交趾洋在海南岛之南至占城一带大洋，昆仑洋即近柬埔寨和泰国之南大洋。泉州往南海的商船“以冬月发船，盖藉北风之便，顺风昼夜月余可到阇婆国。从泉州直航东南亚，并不停靠闽粤沿海港口，从泉州经深海诸洋直达爪哇岛。
广州往南海诸国的航路是从珠江口经海南岛东部到东南亚。广州自小海至得洲七百里、得洲有望舶巡检司，广州远洋航路是从珠江口入大海，所谓“东风西南行”，从屯门趋南海岛东部之七洲洋，直达东南亚。自泉州和广州通往南海诸国的航路有两个交集点，一是海南岛南面的交趾洋，二是三佛齐国。三佛齐以西的国家与中国交通则都经过三佛齐。三佛齐国在南海之中，诸蕃水道之要冲也。
通过明州、泉州和广州的远洋航路都不是循岸而行的近海航路，它们与近海航路的只交汇于明州港、泉州港和广州港三个点上。
海船航行则主要依靠风帆，视风之顺逆，特别是远洋航行主要依靠季节性信风。航海中即使用桨櫓，也多是风帆的辅助手段。南海诸国与我朝间是冬季乘东北季风去，夏季乘西南季风回，广州和泉州在冬、夏海船发舶和归航时会举行祈风仪式。明州到高丽则是五月乘南风发舶，七月中旬自高丽乘北凤归。自日本到明州是三月中旬乘东风和东北风航行，海船在航行中利用正帆、利蓬等多种帆，利用不同方向的风力，只有当头风不可利用。有些大型海船完全用风帆，而不设桨情，也有海船在近海航行，或远洋船进出港时则常用桨槽。
船只的导航方法主要有地表目标、牵星术，以及判断水情三种。到了我朝增加了指南针导航的手段，但主要作为阴夜导航手段。此外还有灯塔导航等方法。这些方法都依赖于长期的经验积累。船舶出海常有多艘组队航行。已形成用旗帜、火炬，喝唱、锣鼓乐器等传递信息，相互联络的方法。有专门负责联络的人员。这些联络方式保证了船队不相离散，或能散而复聚。