眼看朱儁始终不能胜，朝廷便有人建议要召朱儁回京。幸有司空张温上疏劝阻，替朱儁美言道“昔秦用白起，燕任乐毅，皆旷年历载，乃能克敌。俊讨颍川，以有攻效，引师南指，方略已设，临军易将，兵家有忌，宜假日月，责其成功。”这才打动了灵帝。
此时得知消息的朱儁也着了急。
不过朱儁毕竟是名将，眼看双方相持不下，便故意露出破绽，引黄巾军来攻。果然赵弘中计，亲率部突袭汉军大营，遭了埋伏，全军大败，赵弘也身死。
赵弘死后，黄巾军又以韩忠为帅。
可韩忠威望更差，黄巾军各部之间，已经是难以统属，只是因为面对强敌，这才勉力维持。
双方又打了月余。
朱儁眼看宛城坚固，难以攻破，便解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。又鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。
韩忠见状，赶紧将主力布置在西南方向，而朱儁却自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而入。最终南阳外城破，韩忠走保内城。
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韩忠退守小城后，惊惧非常，请求投降。朱儁却是不许，非得要除恶务尽。
韩忠没得办法，只得死命抵抗。
朱儁见黄巾军外围坚固，内营逼急，求降不得，亦难以突围，所以殊死战斗。便知难以强攻，于是把包围撤除，集合部队进城，来了一招“围三阙一”，诱韩忠突围。
韩忠见完成围解，果然引军突围，朱儁乘势进击，率军追击韩忠数十里，斩杀万余人。走投无路的韩忠只得受缚乞降，宛城遂收复。
若事情只到此，也算皆大欢喜了。
可是南阳太守秦颉因之前屡败于黄巾军之手，心生忌恨，竟然将投降的韩忠杀死，这一举动立刻令已投降的黄巾军不安。
黄巾军唯恐受到清算，便又推孙夏为帅，起兵反叛，并趁机夺回了宛城。
此时张角的投降命令已传遍大江南北，各地黄巾纷纷向官军投降，可南阳黄巾因官军之前杀俘之事，对官军俱不敢信，拒不投降。
朱儁本身也无心招抚，于是又猛攻宛城。此时早就已经七零八落的南阳黄巾军自不能敌，于是孙夏败走，汉军追至西鄂县治今河南省南阳市北鄂城寺精山，大破孙夏所部，斩杀夏及万余人，南阳黄巾遂平。
朱儁是杀得痛快了，也立得大功，可是他这种背信弃义的做法，直接使得南阳、汝南等地的黄巾军失去了对大汉朝廷的信任，虽兵败势弱，却皆不投降，而是潜于大别山中，伺机而动。
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终灵帝一朝，南阳、汝南的黄巾军也未被平定。
不过此时尚无人知道此厉害，众人皆沉浸在平定黄巾军的喜悦之中。
唯有曹昂得信之后，忍不住大骂朱儁之愚蠢，早安安稳稳地收降纳叛，何至于此。同时亦庆幸河北黄巾诸事由卢植处置，否则这十多万河北百姓，就是投降，也会被朱儁这种人弄死吧。