此时，孙恩已经有海盗618人，加上他自己，孙家海盗团已经有619人，可谓是声势浩大，已经跟当初的星繁海盗团有的一拼了。
这一次，燕国趁乱运走人口十万，燕侯岚赏赐给孙恩一套具装铁甲，一匹上等的西凉马，以及三百套轻甲。
大晋朝廷击退了海盗，所以他们觉得自己赢了，世家趁乱强占了无主民田，所以他们也觉得自己赢了，刘牢之刘裕等将领依靠剿灭海贼得以加官进爵，所以他们也觉得自己赢了，燕国获得人口，也觉得自己赢了，孙恩实力越来越强，所以也觉得自己赢了。
真正的输家，只有大晋的那些普通百姓。
又在郁洲岛休整几个月后，孙恩再接再厉，于燕后一百九十一年秋（401年）直接对建康发动进攻。
孙恩的618个海盗身经百战，而且有四百人还穿着燕国的轻甲，孙恩本人还穿着具装铁甲，骑着披甲战马，带着燕侯岚私人赠送的铁面具，已然是所向披靡。
听闻孙恩六百大军来袭，大晋朝廷京师震动，皇亲国戚以及世家大族们纷纷躲入建康城内，并且频繁下令北府兵的将领们赶紧去镇压孙恩海贼。
孙恩所到之处一如既往地分田分地，六百大军在短短一个月时间里就扩充到十万人，对外号称百万大军。
孙恩攻下广陵郡，又兵临京口，在京口与刘牢之的北府兵进行决战。
刘牢之一万北府兵猛冲猛打，将孙恩的十万大军击垮，孙恩落荒而逃，带着这次刚刚培养出来的新的四百个精锐海贼坐上了船只逃离，加上之前的六百精锐海贼，孙恩的精锐海贼数量已经多达一千。
至于那十万海贼，则再次被孙恩抛弃，他们被留在京口战场，被刘裕一顿乱砍。
刘裕再一次身先士卒，仅仅带着一百多个晋国小兵就冲进了十万海贼的包围圈，在海贼们的恐惧声中化身战神，一己之力杀得十万锄头海贼纷纷跪在地上投降。
然而，常在河边走，哪有不湿鞋，孙恩每次打完就跑回海上，等晋朝放松警惕就再次回到陆地劫掠。
本以为这样就万无一失，谁能知道，在几个月后，又一次上岸袭扰晋朝时，刘牢之听从刘裕的建议，示敌以弱，引诱孙恩孤军深入到内地，让孙恩远离海洋，纵容孙恩在一路上肆意劫掠。
孙恩果然上当，孤军深入，最后因为离大海太远，来不及逃回海上，最终被刘裕斩杀。
祸害大晋四年的孙恩海贼终于被剿灭，而大晋的损失是不可估量的。
被燕国强行运走的人口总计多达二十万，其中大部分都是年轻的劳动力，燕国根本不运输老年人和小孩子，除非对方是技术人才，在战乱中死去的百姓多达四十万，被杀死的世家子弟多达百余人，被俘虏的皇亲国戚有七人，其中还包括两个司马皇族的帝女（公主）。
东南沿海地区几乎烂成一片，到处都是无人耕种的荒地，这些荒地又被世家们强占，然后世家们又吸纳北方的流民过来给自己当农奴种田。
刘牢之、刘裕二人，因为剿灭海贼有功，成为了大晋名将。