皇太极继位之初，后金面临的形势十分严峻。由于多次对外掠夺，处境孤立，受到明朝、蒙古、朝鲜的包围。内部由于贵族分权势力的矛盾，冲突日益严重。他虽继承了汗位，但实际上是同代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒“按月分值”政务。权力分散，事事掣肘，徒有“一汗虚名”。为了加强中央集权，推进封建化的改革，皇太极采取各个击破的手段，打击、削弱分权势力，提高汗权。
天聪四年，皇太极以阿敏弃守滦州、永平（今河北卢龙）、迁安、遵化四城的罪名，将其终身幽禁。五年，莽古尔泰同皇太极发生口角时，竟拔刀相向。皇太极借机以“御前露刃”之罪，革去莽古尔泰大贝勒衔。至此，四大贝勒，仅剩他和代善两人。六年，皇太极终于废除了与三大贝勒俱南面坐、共理政务的旧制，改成自己南面独坐，取得了汗的独尊地位。另外，皇太极仿照明制，逐步建立国家统治机构，以取代八旗制度所行使的国家权力。三年，建立了由满汉文人组成的“文馆”，职掌“翻译汉字书籍”，“记注本朝政事”，为皇太极推行汉化运筹帷幄。五年，设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌国家行政事务。十年，又将“文馆”扩充为内国史院、内秘书院、内弘文院，统称“内三院”，负责撰拟诏令、编纂史书、掌管和起草对外文书与敕谕、讲经注史、颁布制度等。稍后，又建立了都察院，改蒙古衙门为理藩院。皇太极通过这套政权机构，把权力集中到自己的手中。
在经济上，由于努尔哈赤晚年在辽东实行“抗拒者被戮，俘取者为奴”的奴隶制政策，汉人纷纷逃亡和暴动，生产凋敝，后金社会动荡不安。为了缓和社会矛盾，皇太极执政伊始，便提出“治国之要，莫先安民”的方针，把原先努尔哈赤所推行的汉人每十三壮丁编为一庄，按满官品级分给为奴的政策改为每备御止给壮丁八人、牛二头、以备使令，其余汉人分屯别居，用汉官管理，使大量汉族奴隶取得了”“民户”地位，成为后金政权下的个体农民。天聪五年，皇太极颁布《离主条例》，其中规定“凡奴隶主犯有私行拓猎、擅杀人命、隐匿战利品、奸污属下妇女、冒功滥荐、压制申诉等罪，许奴仆告发，准其离主”。这一条例，限制了满洲贵族的某些特权，有利于奴仆争取改变自己的身份和地位。为了促进农业生产，皇太极注意体恤民力，凡有妨农务的工程，一律不复兴筑，使百姓能“专勤南亩，以重本务”。经过几年的努力，农业有了较大发展，粮食基本上能够自给，社会矛盾得到缓和。
皇太极在国内大力实行改革时，并没有放弃努尔哈赤对外进行侵略扩张的政策。他认为要战胜明朝，首先要征服蒙古和朝鲜，这既可以解除后顾之懮，又可以利用他们的力量，共同对付明朝。天聪元年一月，皇太极不宣而战，命阿敏、济尔哈朗、阿济格等人，率三万大军入侵朝鲜，迫使朝鲜签订《江都和约》。1636年，皇太极又以朝鲜“屡败盟誓”，“助明害我”为由，亲率十万大军入侵朝鲜，包围南汉山城。国王李被迫投降，称臣纳贡，允诺与明朝断绝往来，并将王子送沈阳为人质。对蒙古，皇太极采取“慑之以兵，怀之以德”的政策。首先争取与察哈尔林丹汗不和的科尔沁、喀喇沁等部的归附。天聪二年，达成共同征讨林丹汗的协议。经过几次征战，林丹汗势力大衰。八年，林丹汗在青海大草滩出痘病死。九年初，皇太极命多尔衮等率一万人渡黄河西进，至托里图，俘获了林丹汗子额哲及其部众一千余户，统一了漠南蒙古。为了笼络蒙古封建上层分子，皇太极用联姻、赏赐、封王封爵、定外藩功臣袭职例、崇奉喇嘛教、与西藏僧俗头领建立联系等手段，取得了蒙古诸部的支持和效忠。
为了弥补女真，满洲人数太少的根本弱点，清除北方、东北方向来的威胁，斩断明朝右臂，皇太极加紧进行统一漠南蒙古各部的征抚工作。一方面屡派使者，招诱巴林等部归附，另一方面，集中兵力对付察哈尔部林丹汗。
天聪六年(明崇祯五年，1632)四月初一，皇太极率军离沈阳，西征林丹汗，适值辽河水涨，人马浮水而过，两昼夜始渡完。沿途蒙古各部贝勒纷纷遵奉率兵从征谕旨前来相会，到十二比来会者有喀喇沁、土默特、喀喇车里克、伊苏忒、扎鲁特、敖汉、奈曼、阿禄、巴林、科尔沁等部及北边蒙古诸部奥巴等数十位贝勒，均献酒献马，汗设大宴相待。
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