8月16日与袁世凯合谋，诱杀湖北军政府军务部副部长张振武和湖北将校团团长方维。黎元洪对革命党人的血洗和镇压，也使他牢牢地控制住了湖北军政大权。此间，黎元洪联袁反孙的政治路线，不但加速了葬送辛亥革命成果的步伐，也给整个民初政治扑朔迷离、反复无常埋下了历史的祸根。
疏远帝制
赣宁之役后，在袁世凯的威逼利诱下，在国会中占半数议席之上的国民党议员开始分化。民国二年(1913年)8月5日，黎元洪领衔通电全国，主张先选总统再定宪法。10月6日，国会议员在袁世凯一手安排的打手要挟之下选举他为“正式”大总统。次日，黎元洪当选为副总统。随后，黎元洪应袁世凯之邀离开武昌，入京履职，居住在有“小蓬莱”之称的的中南海瀛台。12月22日，黎元洪以“前兼领湖北都督”的名义领衔邀集各省都督、民政长联名通电，主张给资遣散议员，解散国会，以政治会议取而代国会。前后在不到三个月的时间里，袁世凯就相继解散国民党、召开“政治会议”、解散国会、撤销各省议会、停办地方自治等，清除了他走向专制独裁道路的政治障碍。
民国三年(1914年)5月，袁世凯公布了把总统权力扩大到和皇帝一样的《中华民国新约法》，替代了民国元年的《临时约法》，并规定“立法院”为立法机关，“参政院”为总统咨询机关，所有参政由总统任命。6月21日，由70人组成的“参政院”正式成立，代替了以往的国会，黎元洪出任院长，为袁世凯向专制政权进发装点门面。此时，袁世凯依靠封建军阀武装已在全国建立起了较为稳固的统治基础，其帝制自为活动也随之日嚣尘上。对于袁世凯所进行的一系列帝制活动，黎元洪采取了消极抵制的态度。他首先是请辞本兼各职，试图从帝制活动中抽身而退。黎元洪在参政院的演讲中声明，此次会议期间，决不涉及参议院立法职权范围外之事，并拒绝出席参议院会议，提出辞去副总统、参政院长等职，并向袁提出回湖北原籍修养的要求。袁世凯担心放虎归山，对此一律不予批准。黎元洪遂将居所由碱台迁往东厂胡同。
民国四年(1915年)12月12日，袁世凯正式称帝，成为中华帝国的皇帝。袁世凯称帝后的第一道命令就是册封黎元洪为“武义亲王”。在册封令下达之时，黎元洪委婉地拒绝。此时，各省督军、巡按使、镇守使、都统、巡阅使等纷纷以“东厂胡同黎亲王”、“武义亲王”、“黎亲王”等不同的电头致电向黎元洪表示祝贺。但黎数次拒绝了袁世凯各种变换招数的册封形式。
护国运动发生后，以云南、贵州起兵反对帝制最为剧烈。为消除战争，稳定大局，民国五年(1916年)3月28日，在袁世凯宣布取消帝制的第六天，副总统黎元洪就邀集辞职引退的原国务卿徐世昌、时任参谋总长兼代理国务卿段祺瑞联名就滇黔息兵问题四发勘电。滇黔问题最终在黎元洪等人和社会各界的共同努力下，蔡锷、唐继尧等人考虑到袁世凯己宣布取消帝制，遂放弃与中央的割据和战争，共建民国。
民国五年(1916年)5月7日，西南四省倡议成立中华民国军政府并宣告:“中华民国大总统，领海陆军大元帅一职，依法由副总统黎公继位。”袁世凯取消帝制后于民国五年(1916年)6月6日去世。
府院之争
民国五年(1916年)6月7日，即袁世凯死后的第二天，黎元洪在东厂胡同宅邸就职中华民国大总统。黎元洪就职大总统后，各方来电请求恢复“民元约法”(民国元年约法)和“民二国会“(民国二年国会)制定之大总统选举法，召集国会，速定宪法，组织责任内阁，废除民国二年(1913年)十一月四日后袁氏伪制，惩办祸首。所有措施须依临时约法，以解时局纷扰之祸，慰人民望治之心，固民国根基之本。
以段祺瑞为首的北洋军阀坚持袁氏约法，主要是出于维护北洋军阀的合法地位的考虑，有利于段祺瑞独揽大权，武力统一全国;如果约法恢复，延伸而来的就是要恢复国会，这个以国民党议员居于优势地位的旧国会当然也就会成为他实行军事独裁的障碍，所以段一再坚持不肯恢复旧约法和旧国会。革命党人和护国军政府方面坚持恢复临时约法和民二国会，实际上也是为了打破北洋系专制独裁的局面，重新使中央政府回归到民主政治的轨道上来。民国五年(1916年)6月27日，黎元洪致电冯国璋商谈恢复约法召集国会，指出临时约法束缚了行政的顺畅，应当速速筹措召开宪法国会开会。
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