司马光和王安石在这个问题的处理上也彰显了各自的能力和性格特点。司马光是典型的社会学习型性格，他研究持各种意见的人的社会角色，综合处理案件判决对社会的影响。王安石是典型的个体学习型性格，他研究的是《宋刑统》，研究案件判决对司法解释的影响。
司马光和王安石也有共同点，都认可许遵关于婚姻无效的意见，把阿云案定性为谋杀案，而不是恶逆案。最后双方的焦点限定在两个问题上：一是，阿云算不算自首；二是，定案谋杀罪还是伤害罪。
司马光认为阿云根本不算自首，进了讯问室才招供，这算什么自首？似乎是合情的。王安石提出，在被推勘官提审之前，阿云已经向县尉承认杀伤韦阿大。到县尉这一步，不能算进入司法程序，只是刑侦过程。既然未进司法程序阿云便招供，就应该算案问欲举，即自首。这虽然不合情，却合于律。
司马光认定此案是谋杀无疑。可就连这个确定无疑的判定都被王安石用《宋刑统》的条文给驳斥了。王安石引用原文，“注曰：由所因犯杀伤而自首者，得免所因之罪，仍从故杀伤”。王安石继续引用《宋刑统》条文，“议曰：假有因盗故杀伤人，或过失杀伤财主而自首者，盗罪得免，故杀伤罪仍科。”
为理解所因之罪，需做一点解释。例如，嘉祐七年（1062）的鹌鹑案中，当年王老六抢劫凌老五的鹌鹑，如果不是凌老五将其反杀，而是王老六在抢劫过程中杀伤了凌老五。王老六的抢劫鹌鹑之罪就是所因之罪。如果王老六没有自首情节，那就是抢劫罪与杀伤罪两罪并罚。如果王老六自首，免所因之罪，只以杀伤罪论处。
王安石坚持本案中是两种罪，一种是“谋”，一种是“杀”。“谋”是所因之罪，阿云有自首情节，免所因之罪“谋”，按“杀”罪论处，即伤害罪。那么阿云就不是以谋杀罪判决，而是以伤害罪论处。阿云就可以免除一死了。
这样的“合理”解释连神宗皇帝都感到茫然，又抽调了两个翰林学士吕公著、韩维和一个知制诰钱公辅加入辩论。三个饱学之士严格从立法本意来分析阿云案，然后一致赞成王安石。他们可能更多的是想照顾一下人之常情，希望刑律能对一个弱女子给予一些温情。神宗皇帝遂下诏：“谋杀已伤，案问欲举自首者，从谋杀减二等论。”大宋皇帝为此类共性案件做出了新的立法。
大宋轰轰烈烈的“阿云案”呈现出了以社会学习型思维的行政型官员，与个体学习型思维的技术型官员的泾渭分明。但大宋朝既不是技术型，也不是行政型，国家是一个综合体。王安石的身边都是许遵、沈阔、王韶、章惇……这样的技术流，司马光身边都是范纯仁、苏轼、苏辙……这样的行政流，互相之间也不能合作。机制上不能互相平衡意见，这样性格鲜明的人无论谁执政恐怕都不是大宋的福祉！
但阿云案不可能这么简单结束，各路官僚逐鹿于此都不可能就此收手。倒不是因为他们中有谁会关心阿云的死活，都是想在此事上确立自己在朝廷的话语权，一时间可谓树欲静而风不止。