王安石说：“陛下说的是！臣闻像皋陶这样的贤者也是司法官，难道司法工作有辱贤者的道德吗？”
王安石继续发表观点：“如今治理天下，正是需要大批司法专业人员依法治国。”
司马光冷哼道：“什么依法治国，制国罢了。你的法公平吗？制定的时候得到广泛的参与和监督了吗？这样的法被严格执行就是祸害百姓。”
司马光是无心说出了自己的心里话，反对这一切其实都是反对新法，所有事情都能扯上变法。为变法心力交瘁的王安石实在受不了了，给神宗皇帝写了一封奏章，称病请假不去条例司办公了。神宗皇帝就给他回了一个手诏，也没多想就让翰林学士司马光代拟。
司马光这次抓住了机会，拟道：“朕以卿才高古人，名重当世，召自岩穴，置诸庙堂。推忠委诚，言听计用，人莫能间，众所共知。今士大夫沸腾，黎民骚动，乃欲委还事任，退处便安。卿之私谋，固为无憾，朕之所望，将以委谁？”大致是说：朕器重你，委你重任。今天你搞出这么多事情来，还矫情撂挑子。我很失望！
王安石一看就怒了，“抗章自辩”并要求辞职。神宗一看，糟糕！一忙也忘了看一看司马光代拟的手诏。神宗皇帝非常诚恳的向王安石道了歉。神宗皇帝还是劝他：“你赶紧回来，现在局面困难，你得赶紧出来主持大局。”出来了几天，王安石还是憋屈，又请了十多天的病假，请求解除职务。神宗皇帝一看王安石的倔脾气上来了，想了一个办法，王安石这样的人不会不把国家大义放在前面。一方面让他休息，一方面派吕惠卿跟他说说工作，派沈括跟他说说想法，他王安石自然就坐不住了。
王安石基本没有朋友，也不愿意和人交往。但在变法的问题上沈括算得上是一个知己。沈括听从王安石的建议，舍弃了父亲荫的官，走科举之路，于嘉祐八年（1063）中进士。如今在馆阁任昭文馆校勘，已开展浑天仪、历法等研究工作。沈括天资聪颖，又博览群书，对南郊祭祀、宋辽战争、宋夏战争都有深入研究。沈括对国家财政形势和王安石有共同的看法：“帝国之病在骨髓，司命之所属，非大开大阖之改革不能解决。”
沈括去探病：“公之病在腠理，不治将益深。”
王安石笑道：“原来是神医来探病，看来病未进骨髓。”
沈括接下来的一番话，让王安石久久不能平静。沈括说：“司马光和苏辙是察觉到了新法有问题，但没能总结出新法的问题。其他人都不过是为了反对而反对。无论是‘均输法’还是‘青苗法’，政府都参与了经营。天下人都知道，经营就会有赔有赚，商人赚是自己的，赔也是自己的，自然趋利避害。而政府经营如果也允许有赔有赚，试问他们谁会为国家之利而趋之，为国家之害而避之呢？损公肥私倒是有可能。因此，只能不允许政府经营亏损，这本不符合经营规律，地方政府为避免亏损而只赚不赔，只能将经营风险通过行政命令转嫁给百姓。例如十户联保，强制富户借贷皆缘于此。”
沈括接着说：“公之理财在开源，但司马光要求节流也无错。古人云：‘不以善小而不为’嘛！”王安石点头。
不久朝廷就安排了《南郊式》、《三司岁计》、《三司簿历》的编纂工作。对朝廷花费巨大的南郊祭祀、三司大额开支项目管理都做了进一步规范。其中《南郊式》由沈括主持编纂。这件事得到了变法派和保守派的共同支持。