相对于陆军的扩军备战来说，海上力量的建设并不令欧阳轩满意，只不过他也无可奈何，心知这事急不得。大规模建设陆军相对容易，只要有兵员与资金，几年便能迅速成军。海军不同于陆军，是资金与技术密集性的兵种，不仅非常烧钱，也极度依赖有经验的水手和航海人才，更依赖性能优良的船只。建造船只不仅需要技术人员，更重要的是要有造船的良木。霹雳军治下不缺乏木材，流求、济州、琼州这三个造船基地也有大片的森林，还可以从鲜卑利亚和南洋诸国运回诸多良木，理论上不缺造船的木材。可当下制约海军建设的最大问题，却正是木材。
造船所用的木材有着严格的质量要求，对树种、长度、高度、生长年限都有要求，制造大型军舰的要求更为严格。实际上，如果仅仅是以上要求，对霹雳军并不是问题，毕竟霹雳军治下并不缺乏优良的木材，也有充足的资金购买。真正的问题在于，砍伐下来的良木需要经过长时间的晾晒干燥，才能用于造船，否则容易船体开裂，也极易生虫腐烂，最终酿成海难事故。流求科学院当下已经研究出新方法，大大缩短了晾晒干燥造船木材的新方法，但仍需二年以上。无奈之下，余柱只得下令各商贸公司，全力收购可以立即用于造船的良木，只不过效果不佳。不管是蒙古人还是临安方面，也在大力发展水军，已将造船的良木作为了管制物资。
制约舰队建设的另一个因素是人才，包括造船工匠和经验丰富的水手。霹雳军海军扩张过快，造成这两类人员的严重短缺。为此霹雳军同时推出了三个措施。第一是扩大流求航海学校的规模，并在济州和琼州岛建立航海分校，加速这两类人员的培养。第二是提升这两类人员的待遇，以吸引人才流入，同时从临安治下、北方汉地、高丽、倭国、南洋甚至西洋的天竺、大食、波斯招募造船技师。第三是从俘虏中挑选有一技之长的工匠和水手。霹雳军舰队在打击敌对势力和海盗过程中，抓获了不少海盗。这些俘虏为了不服苦役或被流放，倒是十分踊跃为霹雳军效力。
相比较于木材和水手，作为主战武器的火炮对舰队的影响便比较小了，如果全速生产，其产能跟得上战舰建造的速度。得益于冶炼、火药和车床技术的不断改进，霹雳军的舰用火炮不断改进，不仅威力变大，后座力和重量也减轻不少，目前已形成了弹重5斤、10斤、20斤、40斤、80斤的火炮系列，弹种包括破甲弹、***、霰弹、链球弹、***等弹种。以发射40斤炮弹的重型舰炮为例，该型火炮配置在崇庆府、邛州和大邑这三级主力战舰上，其最大射程能达十里，能对敌人的大型战船一发入魂。如果使用实心炮弹，能对敌人的城门、箭楼等重要设施造成严重的破坏。