道衍却以天命在燕王为由，劝朱棣不要坐以待毙。于是朱棣开始秘密招兵买马，日夜打造兵器。
次年夏天，燕王府百户倪谅向朝廷秘密告发燕王谋反。建文帝命北平布政使张昺、都指挥使谢贵前去抓捕燕王府属官。
朱棣收到消息后将张昺、谢贵两人诱骗至王府杀掉，随后召集府中兵将起兵造反。就在朱棣慷慨陈词，向众将士宣称自己是如何被逼无奈起兵时，突然天降大雨，王府屋檐上的瓦都被吹在地上了，场面一时间有些尴尬。
道衍急中生智说这是飞龙在天，要给燕王府换上皇帝专用的黄瓦。准备已久的靖难之役终于开场了。此时的道衍已经65岁了，一生所图就是为了辅佐明主成为像刘秉忠那样的人。
然而燕王虽然在藩王中实力最强大，但相比坐拥全国的建文帝还是有些不够看。在得知李景隆带着50万大军北上的消息后，朱棣就将大本营北平交给世子，自己率师去宁王那里借兵，道衍留下辅佐世子守城。
事实证明道衍不仅会搞阴谋，而且在实战上也还有一套，他指挥将士守卫北平，不仅打退了南军的进攻而且还主动出击，在半夜把士兵用绳子吊出城外袭扰李景隆大营，把南军搅得不胜其烦。
等到燕王借兵归来后，姚广孝与朱棣里应外合，击溃了南军，燕王乘胜追击，一路打到济南城下，然而却始终无法破城。
正当朱棣准备用大炮强行开城门时，从北平派人送信给朱棣，将士已经疲惫了，还是班师吧。朱棣这才放弃济南，撤回北平休整。
不久，燕王再次南下，结果却在东昌遭到一生中最大的惨败。燕军损失惨重，大将张玉战死，朱棣被打得仅以身免。在这次惨败之后，姚广孝力劝燕王再次出兵，然而燕王虽取得了一些胜利，却迟迟无法越过山东，进军江南。
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所占城池仅有北平、保定、永平三地，但是建文帝这边也不好过。内战打了三年，双方兵员都已枯竭，建文帝只能把京城守军也派上战场。
然而这个消息很快就被内官传递到了朱棣那里，朱棣直奔南京而去，不要贪恋沿途的城池，只要攻陷了南京，其他地方都可以传檄而定。
这样极限一换一的战术看起来风险极大，然而并非全无声息。在灵璧之战中朱棣击溃了南军，俘获了南军诸多将领，朝廷至此再无一战之力。
1402年6月，燕军兵临南京城下，曹国公李景隆和谷王朱橞打开金川门，迎接燕王入城。建文帝消失于一片火海之中。
朱棣登基后论功行赏，封姚广孝为僧录司左善世，不久又晋升为太子少师，并让他还俗，赐名广孝。姚广孝虽未亲自上战场，但是通过为燕王出谋划策，使朱棣能以一隅之地夺取天下，被人称为黑衣宰相。
姚广孝在功成名就之后依然待在佛寺之中，朱棣让他还俗，他不肯，赏赐的金银财宝也被姚广孝分给同乡和亲人，然而他的亲人却并不买账。在姚广孝回乡时，姐姐闭门不见，有哀叹着说：“和尚，勿以富贵归故乡。”
但这并不让姚广孝感到后悔。他的一生所求就是为了辅佐明主做出一番事业，即使功成名就，他也在永乐一朝有着举足轻重的影响。
朱棣有什么大事都会找他商量。此外，姚广孝作为僧侣却参与主修了《明太祖实录》以及《永乐大典》，这在明朝是破天荒的一件事。在朱棣北征时，由姚广孝辅佐太子留守南京，教授皇太孙朱瞻基读书。
1418年，姚广孝在BJ庆寿寺病逝，享年84岁，被追赠荣国公。
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