但是右翼永谢布领主亦不刺、鄂尔多斯部领主满都赉等为首的大封建主看到达延汗的统一事业，妨碍了他们手中的权力，右翼三万户起事叛乱。
1510年，达延汗亲自率兵讨伐右翼，经过“土尔根河战役”和“达兰特哩衮战役”，平定了以右翼永谢布领主亦卜剌为首的叛乱。
平定了右翼的叛乱以后，达延汗将右翼三万户分封给了自己的子孙。
他把右翼三万户统帅权交给三子巴尔斯博罗特掌管并封为济农，也就是副汗，令其坐镇鄂尔多斯万户。
后来，巴尔斯博罗特再次为其诸子分封领地时，其第四子巴雅思哈勒分得了右翼永谢布万户，掌管了喀喇沁、阿速特等鄂托克。
从此，巴雅思哈勒成了喀喇沁部的领主，喀喇沁部也成为黄金家族世袭领地和属民。
他的两个哥哥之一衮必里克济农分得了鄂尔多斯万户，阿勒坦汗分得了土默特万户。
据《九边考》记载，这时的喀喇沁部活动地域已经从鄂尔多斯地区迁出，驻牧于宣府张家口、独石口边外。
这一带已经深入到了兀良哈三卫的驻牧地域。
巴雅思哈勒成为喀喇沁部的领主并深入到兀良哈三卫驻牧地以后，兀良哈三卫开始和喀喇沁部发生了十分密切的关系。
在16世纪40年代初期，兀良哈三卫中的朵颜卫在其领主恩克兄弟9人的率领下，举部携带成吉思汗母亲诃额伦祭祀宫帐归附了成吉思汗黄金家族。
阿勒坦汗将恩克兄弟5人所部赐予其弟巴雅思哈勒昆都仑汗，成为喀喇沁部兀良哈人的来源，将恩克弟弟4人所部收为己有成为阿勒巴图，属民，由阿勒坦汗长子辛爱黄台吉统领，他们进而成为后来的东土默特部的兀良哈人。
以恩克为首的一部分朵颜兀良哈人归附喀喇沁部后，奉喀喇沁部首领巴雅思哈勒及其后裔为自己的领主。
17世纪初叶，林丹汗即蒙古大汗位。
当时大明王朝的北部处于十分复杂的政治格局。
在东北，建州女真已经逐步崛起，使女真族从蒙古的附庸逐步变成蒙古的强大政治、军事对手并建立了后金国。
蒙古各部却处于各自为政的封建割据状态，大汗权势衰微差不多快沦落到察哈尔一家的汗王。
明朝控制着辽东地区，在这一地区仍然具有较大的政治影响力。
这三方角逐的结果是后金势力逐渐做大。
林丹汗针对如此复杂的局面，曾经踌躇满志妄图重新统一蒙古各部。
林丹汗执行了一条错误的路线，他未能利用身为蒙古大汗的政治影响力和智慧团结同族各部，却同室操戈、骨肉相残对蒙古各部进行了兼并战争。
其结果是造成东北地区蒙古各部，奈曼、敖汉、巴林、扎鲁特，科尔沁等部族纷纷归附后金。
林丹汗在兼并周边蒙古各部接连失利的形势下，把军事锋芒转向右翼蒙古各部向西推进，以谋求新的发展和反攻机遇。
右翼蒙古各部反对他的入侵和兼并，进行了顽强的抵抗。
喀喇沁部地处右翼蒙古的前沿，以前与林丹汗素来有矛盾。
早在喀喇沁部巴雅思哈勒在世时，其第四子满五素由图们汗收养为义子。
图们汗派遣其部下驻在喀喇沁部驻地以示保护。到了林丹汗时期，满五素率领原图们汗留下的部众回归喀喇沁部。
林丹汉对满五素的做法极为不满，遂要求归还原图们汗派驻喀喇沁部的人马而遭到拒绝。
另外，喀喇沁部游牧于宣大边外，在与明互市中居于有利地位，因此抢占了与明的大部分互市贸易份额，林丹汗对此极其不满，曾调集10万大军对喀喇沁部进行威胁。
同时，他又派遗使臣前往宣府，通报明朝：张家口之地原属察哈尔部，今后不容许喀喇沁部人在此冒名互市。
喀喇沁部针锋相对，企图联合明朝势力和林丹汗抗争，但明朝对此采取了阳奉阴违、袖手旁观的做法。
在这种事态下，战争一触即发。
在喀喇沁部遭遇林丹汗的几次兼并战争中，其大军大部溃散，一部分逃入明边内躲避，一部分被林丹汗俘虏。
喀喇沁黄金家族首领和所拥有的人口因大多在察哈尔的兼并战争中被杀被虏而所剩无几。
喀喇沁内的兀良哈人所属部民没有参加艾不哈之战，在长昂子色棱和孙苏布地塔布囊率领下归附后金，因而保存了实力，他们不久之后便参加了后金对林丹汗的战争。
原来幸免于难的喀喇沁部黄金家族台吉和部民，大部分被后金编入蒙古八旗而分离出去。
这样，色棱和苏布地塔布囊就继续沿用了原宗主部“喀喇沁”这一名称。
喀喇沁部领导权由黄金家族彻底转入到兀良哈人手中，兀良哈人成为喀喇沁部的新领主。
这也标志着新的喀喇沁部落是由兀良哈人为主体重新组成的。
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