海商回国时，则要根据所持船引和督饷馆所存号簿进行核查。
每艘出海商船，都要领船引一份。
凡是领得船引的海商，都必须交纳“引税”。
最初规定，每张船引纳税银三两，后来增加到六两。
起初，政府只是对船引的总量进行控制，每年发放五十张，万历三年增加到一百张，而没有对领持船引海商的出航国家进行限制。
万历十七年，政府将前往东、西洋商船的总数各定为四十四艘。
后来由于申请出海者过多，又将船引扩大到一百一十份。
隆庆开海最主要是带来了可观的经济收益。
隆庆开海后，除收取“引税”外，督饷馆还征收三种商税：水饷、陆饷、加增饷。
“水饷”根据商船尺寸长短征收，类似于今天的吨位税。
“陆饷”根据进口的具体货物征收，由到船上接买货物的铺商缴纳。
“加增饷”是专门针对从马尼拉回航，商船没有携带货物而只带回白银所征收的特别税。
督饷馆所征白银银两，开始每年在两万两左右，后来接近三万两，漳州督饷馆也被时人称为“天子之南库”。
而对于海商从马尼拉带回月港的西班牙银元，漳州人周起元说，“所贸金钱，岁无虑数十万”。
晚明从月港流入中国的白银，十六世纪七十年代年均约28.5万两，八十年代年均约88.9万两，到1600年以后年均达到100万两的规模，从而为明代货币白银化提供了重要条件。
伴随着白银的大量流入，中国的生丝及纺织品、陶瓷器、漆器等工艺品、矿产品及金属制品、水产品、农产品等商品也源源不断地输送至东南亚各港口。
以生丝及丝织品为例，明清之际的顾炎武曾记载，海商贩运湖丝，太湖流域生丝及丝织品至东南亚，获利一倍。
中国海商输往菲律宾群岛的丝货价值，1600年前后每年在103万两左右，1630年达到135万两左右。
而运往菲岛的中国丝织品，除了小部分在当地消费外，大部分又通过西班牙人的大帆船运往拉丁美洲销售，中国丝货价格只及西班牙同类产品的三分之一。
在墨西哥等地，十七世纪三十年代就有一万四千人专门利用中国生丝进行加工制造；在拉丁美洲很多地方，中国丝绸不仅成为一些市民的服装衣料，而且还成为教堂的装饰品。
明末商品物美价廉，因而多成为东南亚市场和欧美市场的抢手货。
与此同时，明末的海外市场需求也直接刺激了江、浙、闽、粤、赣等地区的丝织业、棉织业、染织业、制瓷业、铁器业、制糖业等行业的发展。
市镇经济兴起，商品地域特色突出，湖丝、松江棉布、景德镇以及德化瓷器、佛山铁器等，皆闻名于国内外市场；赣南山区甚至因为食糖大量出口而广泛种植甘蔗。
此举也对中国的农业发展产生了影响。
明末海商从菲律宾引进的拉丁美洲作物，包括玉米、番薯、马铃薯、烟草、花生、辣椒、番茄等，不仅对我国粮食生产和人口增长产生了较大影响，而且还丰富了饮食风味。
而且隆庆开海也为外来的新思想和新技术的引入带来了便利。
所谓“隆庆开海”其实只是顺水推舟的将名存实亡的“海禁”扫入历史的垃圾堆而已，本质上是顺应自由贸易的时代潮流，任何一个正常的朝代都会做。
所以本质上并不是一个值得大书特书的政治举措，仅仅只是回归正常的罢了。
涂泽民于隆庆元年申请开海禁，允许海商前往东西二洋贸易的要求，但是并没有说到朝廷何时批准这一申请的。
包括后来的万历年间福建巡抚许孚远在《疏通海禁疏》中也只提到涂泽民于隆庆初年提出开海一事，也没有说朝廷具体何时批准的这一申请。
于是隆庆初年，前任抚臣涂泽民，用鉴前辙，为因势利导之举，请开市舶，易私贩而为公贩，议止通东西洋，不得往日本倭国，亦禁不得以硝黄铜铁违禁之物，夹带出海，奉旨允行，几三十载，幸大盗不作而海宇宴如。
“隆庆开海”的地点，大多数人可能潜意识里就以为海澄县的月港就是首选地点，其实并不是，当时考虑的首选地点是诏安县的梅岭，但是因为土匪盗贼太多，阻碍道路交通，无可奈何之下才选择了月港地区。
从一开始的3000两白银，到后来几乎每年能给大明提供接近三万两的税收，收入十分可观，至于万历四十三年为何从29000多两降低到了23400多两，主要是因为万历派出税监高寀入闽横征暴敛，接受荷兰人的贿赂密谋出卖澎湖列岛，通倭外加拖欠大量商民财产还火烧一批民房镇压百姓合理诉求。
福建全省官民多次投诉，终于引起万历重视，于万历四十一年撤掉了高寀，并且为了安慰民心，下诏减免了三分之一的关税，并且后续四十三年又下诏减免。
万历四十一年，上采诸臣议，撤案珰还，诏减关税三分之一，漳税应减万一千七百。当事悉罢五关杂税，独以洋商罗大海之重利。即不减犹可支持，仅三千六百八十八两，然不可谓非圣世洪洞之恩也。
万历四十三年，恩诏量减各处税银。漳州府议东西二洋税额二万七千八十七两六钱三分三厘，今应减银三千六百八十七两六钱三分三厘，尚应征银二万三千四百两。
隆庆开海影响的方面具体可以分为如下几个方面，第一是对福建本地商民的影响；第二是对来华贸易的洋人的影响；第三是对大明政府的影响。
从第一点来看，福建本地商民在开海中是受益极大的一方，众所周知福建多盐碱地，很难依靠种植粮食致富，土地贫瘠决定了这方土地不会太过富有，但是开海之后对外贸易利润能达到十倍之多，于是福建本土百姓纷纷出海，哪怕是船引限制，也抵挡不住私人出海的野心。
大家前赴后继冲向致富的大海，不惧波涛生死，发家致富者不在少数，月港甚至因此被誉为“小苏杭”。
于是，饶心计者，视波涛为阡陌，倚帆墙为秣稆。盖富家以财，贫人以躯，输中华之产，驰异域之邦，易其方物，利可十倍。故民乐轻生，鼓枻相续，亦既习惯，谓生涯无逾此耳。方其风回帆转，宝贿填舟，家家赛神，钟鼓响答。东北巨贾，竞鹜争驰。以舶主上中之产，转盼逢辰容致巨万。若微遭倾覆，破产随之，亦循环之数也，成弘之际，称“小苏杭”者非月港乎。
对于来华贸易的洋人来说，大明的开海无疑是一个利好消息，大明有着广阔的领土和数量庞大的人民，贸易需求很大，这也给了来华洋人发家致富的机会，每年少说几十万钱财的交易量吸引了不少葡萄牙人，西班牙人以及荷兰人前来要求通商。
穆庙时除贩夷之律，于是五方之贾，熙熙水国，跨艅艎，分市东西路。其捆载珍奇，故异物不足述，而所贸金钱，岁无虑数十万，公私并赖，其殆天子之南库也……然则澄之舶政，岂非巡经国阜财，固强边之最便者哉！
当然了，也有洋人受到开海利润的诱惑打算通过非法手段强行滞留福建海面与大明百姓商贸，这就是荷兰人。
万历二十九年荷兰人来到广东海面希望能够通商，被广东地方政府拒绝了，于是万历三十二年荷兰人又到了福建海面，通过海商潘秀，郭震二人向大明政府请求滞留澎湖列岛与大明通商，再次遭到拒绝，但已经尝到贸易甜头的荷兰人打定主意不走了。
于是时任福建巡抚徐学聚上奏《初报红毛番疏》，详细解释了为何荷兰人不能滞留澎湖的缘由。
海澄弹丸而能设关以税者，以商航必发轫于斯，可按而稽也。若番船泊彭湖，距东番、小琉球不远；二千里之海滨、二千里之轻艘，无一人一处不可自斎货以往，何河能勾摄之。渔船小艇，亡命之徒，刀铁硝黄，违禁之物，何所不售。洋船可不遣，海防可不设，而海澄无事关矣。
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