先是万历三十九年（1611）春，郑仁弘为了抬高他老师曹植的地位并贬抑南人，上疏攻击南人的宗师李彦迪（号晦斋）和李滉（号退溪），要求将两人逐出文庙配享。他的上疏虽未被批准，却引发儒林的轩然大波，郑仁弘遭到儒生们的批判并从儒籍（青衿录）中除名。
光海君大怒，欲追究儒生责任，导致成均馆500多名儒生“卷堂”（罢课）示威。在左议政李恒福的劝阻下，所谓“晦退辨斥”的风波最终不了了之。
但大北派经过这次投石问路，开始发起全面攻势。万历四十年（1612）春，大北派诬陷原任官员金直哉及其子金白缄、女婿皇甫信密谋造反，拥立顺和君养子晋陵君李泰庆，并牵连包括柳永庆儿子在内的一大批小北派官员。
光海君下令将金直哉等人凌迟处死，并赐死晋陵君，株连430余人，从此小北派一蹶不振，只剩朴承宗、朴自兴父子和柳希奋、柳忠立等因为外戚的缘故还屹立朝中。
自从大狱频繁发生后，光海君就深居简出、沉湎女色，除了亲审大逆罪人外，极少上朝视事，除了受群臣朝贺的大礼外几乎不出后宫，在位十五年间，召见群臣不过八九次，开经筵不过五六次。
光海君虽然初步巩固政权，但他最大的心腹之患——永昌大君李?还存在。
宣祖亦担心永昌大君会有不测，临终前嘱咐光海君一定要爱护兄弟，又下秘密教旨，将永昌大君托付柳永庆、韩应寅、韩浚谦、申钦、朴东亮、许筬、徐渻七名重臣，要求他们好好保护。
大北派看透了光海君将永昌大君视为骨鲠在喉的心理，便于万历四十一年（1613）又制造了“七庶之狱”（又称癸丑狱事）。这年三月，从东莱倭馆运送数千两银子到汉城的商人在闻庆鸟岭的路上被劫杀，后来查出这是朴应犀、徐羊甲等七人所为。
他们都是两班官僚（出身西人和南人）的庶子，由于庶孽禁锢法而无法出仕，整天饮酒作诗，发泄对社会的不满，号称“江边七友”，又爱读中国小说《水浒传》，受其影响干起抢劫官银的勾当。
李尔瞻等趁机唆使他们将矛头指向永昌大君，称他们受金悌男（仁穆大妃之父）的指示，劫持官银作谋反本钱，拥立永昌大君，并让大妃垂帘听政。
光海君遂下令逮捕金悌男，将他赐死，还有一个牵连者郑浃则招供遗教之事。要动永昌大君还得越过宣祖遗教的坎，所以李尔瞻等宣称宣祖命七臣保护永昌大君的遗教是宦官闵希謇伪造的。
遗教诸臣（柳永庆已死）纷纷上疏划清界限，但皆被罢官。李尔瞻还不断请求处死永昌大君，光海君不予批准，最后决定废永昌大君为庶人，流放江华岛围篱安置，次年被江华府使郑沆杀害。
与此同时，大北派掀起“废母”之议，“母”就是光海君的继嫡母仁穆大妃，她不仅受七庶之狱的连累，还被指控在宣祖临终前让宫女对懿仁王后之像施展巫蛊，来给宣祖续命。
所以李尔瞻指使儒生李伟卿上疏，称：“母后内作巫蛊，外应逆谋，母道已自绝。”
随后掀起废母之议。反对者认为无论如何也要对仁穆大妃尽孝道，支持者则强调忠比孝更重要。最后，反对废母的西人和南人官员被指为“不忠”或“护逆”，几乎被尽数逐出朝廷，于是光海君初年的联合政府彻底瓦解，以李尔瞻、郑仁弘为首的大北派独占政权。
万历四十三年（1615），光海君自庆运宫（西宫）移住昌德宫，而将仁穆大妃幽禁于庆运宫，但没有废黜她。
万历四十五年（1617）八月，恭圣王后获得明朝承认，随后废母之议再起并达到高潮，李尔瞻等不仅指使百官宗室780余人“庭请”废黜仁穆大妃，还组织汉城民众参与“讨逆”，制造舆论。
光海君只是下令贬黜仁穆大妃的尊号，称之为西宫，并未废为庶人。
随着后金的威胁日益严重，波及整个朝鲜的废母闹剧遂告收场。
在此期间，大北派又于万历四十三年（1615）制造申景禧之狱，使定远君的儿子绫昌君李佺（朝鲜仁祖之弟）成为又一个牺牲品。
至此，光海君王位的威胁者基本被清除。
进入万历四十六年（1618）后，朝鲜政治生活的主要内容由“废母”问题转移到外交问题。
当时，出身建州女真的努尔哈赤初步统一女真各部，于万历四十四年（1616）称汗，建立后金政权。
万历四十六年（1618）四月，努尔哈赤以“七大恨”告天，袭击明朝抚顺，揭开明金战争的序幕。
在此前后，明金双方都在拉拢朝鲜，后金自万历四十五年（1617）冬到萨尔浒之战前至少四次致书朝鲜，开示反明之意，离间明鲜关系。
万历四十六年（1618）闰四月，朝鲜方面正准备将“胡书”报告明朝，明朝辽东巡抚李维藩、镇江游击将军丘坦、蓟辽总督汪可受要求朝鲜出兵助明的咨文、票文和檄文就接连送来了。
面对明朝的征兵要求，光海君与众臣意见对立，他认为：“我国三边防备自守不暇，举单弱不教之卒，入援天朝，有何所益？”并判断：“老酋桀骜，虽以中朝兵力，未能必其一举剿灭”，要求备边司搪塞明朝，并劝告明朝也慎重对待，自己始终不愿出兵。
而绝大多数大臣都主张出兵以报答明朝再造之恩，同时消灭努尔哈赤也对朝鲜安全大有裨益，包括光海君最重要的支持者礼曹判书李尔瞻和领议政郑仁弘。
只有黄中允（南人）、赵缵韩（南人）、朴鼎吉（大北）、李伟卿（大北）、朴自兴（小北）、任兖（大北）、尹晖（西人）七人不支持出兵，不久之后他们迫于众议改变立场。
光海君从明朝征兵的环节问题下手，认为李维藩等人只代表辽东当局，不代表皇帝，必须皇帝下旨才能出兵。
他便派使者去北京打探皇帝的旨意，顺便呼吁豁免派兵，最差的情况也是只在鸭绿江畔虚张声势而不越国境，于是以弘文馆校理李埁为赍咨官，将朝鲜的请求报告辽东当局；又以右副承旨朴鼎吉为圣节兼陈奏使，直接入京向明神宗请旨。
此时负责讨伐后金的明朝经略杨镐已经出关，他会见了李埁，让他向朝鲜国内送去自己的咨文，表示已接到皇帝“鼓舞朝鲜”的旨意，要求朝鲜必须出兵一万以助明。
朴鼎吉在途中被杨镐阻止，后来又一路圣节兼陈奏使尹晖来到北京，得到了皇帝要求朝鲜服从杨镐调遣的圣旨。
光海君回避出兵的最后希望也破灭了。
杨镐咨文被送到朝鲜后，光海君就已知道无回旋余地，遂调兵遣将，征发三手军（炮手、射手、杀手）10000人，加上其他人员共计15500余人，以晋宁君姜弘立为都元帅，北兵使金景瑞为副元帅，这对朝鲜而言已是相当精锐的阵容。
万历四十七年（1619）二月，朝鲜军队开拨渡江，隶属南路明军刘綎所部，参与围剿努尔哈赤的战争。
三月初，中路左翼的明军在萨尔浒之战中惨败，主将杜松阵亡。随即北路明军也被击败，主将马林单骑逃回开原。
经略杨镐急忙命李如柏、刘綎撤回，但刘綎已经深入后金境内，三月初四在阿布达里冈中伏败死，同日朝鲜军也在深河遭到后金袭击，金应河以下数千人力战阵亡，姜弘立则率5000残兵败将投降后金。后来有1400余人逃回朝鲜。
深河之战的结果应验了光海君的预料，坚定了他推行“中立外交”的想法。此后他在明金两国间施展纵横捭阖的外交技巧，多次拒绝或拖延明朝的再征兵请求，对于后金则尽量不刺激，与之进行国书往来。
自努尔哈赤兴起以后，朝鲜可谓国难当头，光海君与朝臣围绕外交问题发生分歧与争执，他经常不与备边司大臣讨论就直接通过承政院下达旨意，备边司曾抱怨道：“臣等当上国征兵之日，不能出一奇策，唯当奉行睿算之不暇，何敢有一毫搪塞之心哉？”
更重要的是，光海君奉行中立外交，在深河之战后包庇降将姜弘立、一味逃避明朝的再征兵要求，坚持向后金传达国书，引起包括大北派在内的几乎全体朝臣的反对，也导致光海君与其支持者李尔瞻一派关系的微妙变化。
本来李尔瞻等在光海君的纵容下，自七庶之狱以来以“讨逆担当者”自居排斥异己，将与金悌男有联系及反对“废母”之议的人士几乎全部逐出朝廷，使大北派独占政权。
李尔瞻专权自然对光海君的王权构成威胁，甚至在有些情况下到了“王不得自由”的程度；而李尔瞻反对光海君的中立外交，更使他和光海君渐行渐远。
光海君为此起用有外交才能却被罢官的西人李廷龟来执行他的外交政策，李尔瞻一派以他是金悌男同党、反对“废母”为由劝阻。
光海君斥责道：“金悌男给你们恩惠已经很久了，每次你们要陷害某人，都会搬出金悌男，这些话一点也不新奇，我也听腻了，你们还是别说这些了！”
并不点名地批评李尔瞻为“宗社之罪人”。
在此情况下，郑经世、郑晔、洪瑞凤、南以恭、李睟光、李贵等反对派官员被解除禁锢，重新登用。
而朝野中推翻李尔瞻的氛围也越来越浓厚，到天启元年（1621）庆尚道儒生进京，掀起倒李风潮，控诉李尔瞻专擅政权、舞弊科举及废母杀弟等罪行。
尽管光海君没有处置李尔瞻，但也表现出对他的厌恶。
大北派由此开始式微，西人等反对派获得释放并重新起用，为“仁祖反正”创造了条件。
深河之战的全军覆没对于尚未摆脱壬辰倭乱后遗症的朝鲜来说是相当大的打击，其影响波及朝鲜八道，其中以平安道尤甚，各郡县都有数百名战死或被俘于深河的壮丁，田野荒芜，徭役也更加繁重。
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