16世纪末，西班牙人想使巴塔哥尼亚沿海地区殖民化，以肃清英国海盗，但在圣马蒂亚斯(sanmatias）海湾建立一个耶稣会殖民地的计划失败。1778年英国试图在上述海湾殖民，西班牙人的反应是在巴塔哥尼亚首先建立两座城市：圣何塞(sanjose）及别德马。1780～1807年西班牙人在德塞阿多港建立了一块殖民地，但3年后这一地区已无欧洲人的殖民地。
阿根廷独立后。直到1870年代通过“征服沙漠”之役征服印第安人之前。巴塔哥尼亚几乎一直不受白人移民注意。此后阿根廷政府计划向该地区移民。并使之成为国家的组成部分。虽然人们因各种原因，如开发经济资源、享有宗教和政治自由等来此定居，但移民仍不甚踊跃。当地的地下财富特别吸引智利的移民，智利人希望临时工作而不是长期定居，这些人现在占人口的最大部分。除里瓦达维亚海军准将城和沿内格罗河流域上游的城镇有较大人口聚集地外，巴塔哥尼亚人口稀少，主要在农村。
巴塔哥尼亚水文状况独特，虽然荒漠广阔但内流区域狭小。内流区仅局限于内格罗河与丘布特河之间狭小地区。其余地区河流因承受山地冰雪融水或冰蚀湖供给而成为过境外流河。但毕竟受干旱气候制约，众多河流中仅有科罗拉多河、内格罗河、丘布特河河水充沛可航运、灌溉、发电。成为巴塔哥尼亚发展农、牧、林各业的河谷平原基地。
整个南美洲湖泊贫乏，但巴塔哥尼亚地区安第斯山脉东麓东侧，冰蚀湖、冰碛湖广布，大大小小共有300多个，构成南美唯一的重要湖群。
水文
两岸为悬崖峭壁的河谷深而宽，从西到东切入台地。这些河谷都是过去从安地斯山流向大西洋的河流的河床，只剩下少数发源于安地斯山的河流尚有常年流水（如科罗拉多河、内格罗〔negro〕河、丘布特〔chubut〕河、森格尔〔senguerr〕河、奇科〔chico〕河及圣克鲁斯河等）。多数河谷或者有间歇流水－－如发源于安地斯山的科奇（coig）河和加列戈斯（gallegos）河，或者为整个或部分河段已完全干涸的干河，如德塞阿多（deseado）河。由于受风沙的影响，现已面目全非。从表面一点也看不出昔日曾经有河水流过。还有其他河流，如佩尔迪多（perdido）河，流入浅盐滩和盐塘而中止。峡底很深，大都为冲积粗砂和砾石，具有弥补地表水不足的地下水库的作用。
巴塔哥尼亚台地与巴塔哥尼亚安地斯山脉之间的中间地带是冰河槽或冰斗中的一连串湖泊，这些冰斗被冰碛层或松散而不分层的冰碛物等冰河的其他形成物所阻塞而形成湖泊。纳韦尔瓦皮湖以北，除拉卡尔湖（lacar）外所有湖水均流入大西洋；而纳韦尔瓦皮湖以南除别德马(viedma）湖和阿根廷湖外，所有湖水通过深狭谷流入太平洋，这些狭谷是因科迪勒拉自上而下受到侵蚀，沿东西方向被切断形成的。
在巴塔哥尼亚，内格罗河以北的土壤质量最好，特别是由火山岩形成的土壤。向南土壤逐渐变得贫瘠多石，在地面上常常有大片的鹅卵石。
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