还没等担任前敌总指挥的茅德胜说什么，下面的中低级军官们的口令声就已经此起彼伏，他们专业的战斗素养和丰富的战斗经验，保证了他们在任何时刻都能做出合理的决策。他们是这支部队最大的财富之一。
清军果然发起了反冲击，溃退下去的江西兵与扬州团练一起连续向北城豁口处发起冲击，但身披重甲、手举4.2米长矛的黑人士兵排成密集队形，将这些敌人远远挡住。而在他们的间隙内，七百多名火枪手从容地击发手中的火枪。更别提还有8门装满了葡萄弹和散弹的大炮了，总之冲来的清军像割麦子一样倒下，短短时间内便死伤了数百人，这令他们的士气再度崩溃。
扬州城分旧城和新城两部分，东岸人进入的自然是旧城了。翟从谔接到了茅德胜的指示，开始率领儿郎们清理两侧建筑。已经统一换装了东岸土黄色军服与大盖帽的青州兵们凶狠地撞开街道两侧建筑紧闭的大门，一些躲藏在里面的清军士兵根本无法反抗便被乱矛戳刺而死。贡院、淮扬会馆（盐商会馆）、戏园相继落入东岸大军之手。到了中午时分。经过一番不算很激烈的争夺，在付出七八十人的伤亡后，常平仓也被攻克。因为麾下士卒在进攻常平仓中死伤不轻，翟从谔愤怒之下斩杀了上百名投降的前江北四镇黄得功部清军士卒。
午后，莫茗亲率两千余战兵以及大量军夫入城，骑兵大队两千五百人仍留在城外策应。新入城的两三千名军夫前后也上过好多次阵了。平时也会操练一些战阵配合之术，此时他们在挺身队第一联队联队长张旭东上尉的指挥下，开始向新城方向扩展。莫茗给他们调配了两门火炮，猛烈的炮火首先将据守石桥（新城与旧城间隔着河）的清军杀散，然后突入新城。经过一番中规中矩的战斗后，攻占了两条街巷并一座寺庙，并在第一联队联队部直属部队（300多人）、陆军第102连及部分炮兵的协助下挡住了清军的两次反冲击。
战至5月13日傍晚，东岸大军已经占领了四分之一个扬州城区，甚至连府衙都已经被翟从谔部苦战后攻克，清汉军正白旗牛录章京蔡士英负伤逃遁，四百汉军并千余江西清军被全歼在扬州府衙门内外，这令清军上下尤其是石廷柱心疼得不得了。要知道，这可都是汉军旗兵将啊，是从黄台吉时代就陆续整训的汉军旗啊。当时还只有一个旗，由石廷柱一人统带，后来慢慢分成两个旗，最后演变成了如今的汉八旗。这些人每一个都是极其宝贵的，如今竟然一战损失了好几百在这扬州城里，你让石廷柱怎么活，里面很多人都是他长年累月带出来的，这可都是他的本钱啊！如今竟然轻易地死在了扬州城里，这换谁都有些接受不了。
入夜后，东岸大军在莫茗的命令下放弃了一些不易守御的地段，然后收缩兵力，静待天明后继续发起新的攻势。当然在他们已经占领的部分城区内，大批朝鲜夫子在军夫的带领下开始收集战利品，同时开始往城外大营运输，这种行动持续了整整一夜，而天明后仍在继续。