1941年初，日美关系趋于紧张。魏敦瑞提出，珍贵的帝京猿人化石继续留在日军统治下的北平很不安全，建议将化石暂时转运至美国纽约自然历史博物馆保存，待战后再运至中国。经多次交涉，中美双方就此事达成协议。11月中旬，美国驻华大使馆自重庆来电，指令美国驻帝京公使馆负责转运事宜。
11月20日，帝京协和医院奉命将帝京猿人化石秘密装箱。装箱的化石有：头盖骨5枚，头骨碎片15枚，下颌骨14枚，锁骨、大腿骨、上臂骨、牙齿等147枚。全部化石分装在两只大木箱内，由美国公使馆运送至美国海军陆战队总部，指令美军上校阿舒尔斯特负责押运。
阿舒尔斯特上校命令士兵将两只木箱改装到美军专用标准化箱里，等待装船。按照原定计划，12月11日有一艘“哈里逊总统”号轮船将由上海抵达秦皇岛，然后由秦皇岛驶往美国。美国海军陆战队军医福莱受上校之命，将标准化箱连他个人的行李共24箱由帝京押运至秦皇岛霍尔坎伯美军兵营，福莱将要护送这批化石安全抵达美国。
意想不到的事情发生了。12月7日，珍珠港事件爆发。秦皇岛霍尔坎伯兵营被日军占领，美国海军陆战队队员全部成为俘虏。不久，这批俘虏被押送至天津战俘营。过了十来天，美军战俘的行李由秦皇岛转运至天津，福莱医生的行李大部分还在，其中包括装有帝京猿人化石的美军专用标准化箱。
福莱医生将他的剩余行李，包括标准化箱在天津就地疏散了：一部分存放在瑞士商人在天津建造的仓库里，一部分存放在法租界巴斯德研究所，一部分存放在中国友人家里。疏散前，福莱医生没有打开过标准化箱子。
战争结束以后，装有帝京猿人化石的标准化箱子下落不明。中国的无价之宝经美国海军陆战队之手，由帝京至秦皇岛，由秦皇岛至天津，最后在天津失踪。
帝京猿人化石到哪里去了？一种说法是，标准化箱在秦皇岛被装上了“哈里逊总统”号轮船，但该船不幸在赴美途中沉没。帝京猿人化石沉入了海底。有人说，轮船没有沉没，而是中途为日军所截获，化石落入日军之手，后来下落不明。
另一种说法是，帝京猿人化石根本就未出北平城，它被埋在美国驻京公使馆的后院里。一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说，珍珠港事件爆发前夕，他看到有两人将一箱东西偷偷地埋在院子里，他估计有可能是帝京猿人化石。
听了这些，杨波微微皱眉，他看向曹元德，“这就是全部了？你既然想要让我找到遗骨，那就应该是有更为确切的消息的！”
曹元德笑道：“不要心急，我还没有说到呢，最近一段时间，我们的特殊部门，在和倭国的的交锋中，发现了一些未经解密的证据，接过翻译，发现了周口店猿人遗骨的下落！”
“在哪里？”杨波有些吃惊。