航空母舰一共四艘分别为凤翔号、飞鹰号、隼鹰号和飞龙号。这些航空母舰中飞龙号是使用大战期间英国“预备航空母舰”计划的遗物改装完成的，使用的是一艘排水量足有2.2万吨的高速商船为基础建造的大型舰队航母，装备有双层机库，上层机库为开放式，下层机库是封闭式，英国人认为这艘航空母舰的载机数量可以达到92架以上，而日本人也为这艘航母配属了85架飞机。
至于剩余的三艘航空母舰排水量在1.5万吨到1.8万吨之间，采用的都是单层机库，船体除了飞鹰号之外，也大部分都是纯民船结构，只是进行了适当的增强，虽然有甲板系流，但是每艘战舰搭载的飞机数量也是在60到70架之间，四艘航空母舰一共搭载飞机280架。除了4艘正规航空母舰之外，这一次日本联合舰队还带出来2艘水上飞机母舰，用于侦查和反潜。
相对于称得上规模庞大的战列舰舰队和航空母舰舰队来说，日本人的辅助舰队规模就相形见绌了，不要说和美国太平洋舰队的驱逐舰分队相比了，甚至连目前，他们和西姆斯指挥的美国舰队中驱逐舰分队相比，日本驱逐舰分队都差的很远，一共拥有17艘主力舰的日本联合舰队主力一共只配属了36艘驱逐舰！也就是6个6驱逐舰分队！
当然这并不是说日本联合舰队只有36艘驱逐舰，而是因为不少驱逐舰正在维护或者执行其它任务，同时这次部署又必须强调机动性和远洋作战，所以必须配属大型驱逐舰。但是不管如何，仅仅36艘驱逐舰和美国舰队超过50艘各种驱逐舰相比还是差距明显的。
至于日本舰队中的巡洋舰？抱歉，现在日本联合舰队中除了2艘担任驱逐舰队领舰的轻巡洋舰之外就再也没有任何一艘巡洋舰了，而这两艘只装备6寸炮的轻巡洋舰，两艘加一起也不够美国重巡洋舰一艘打的！
日本联合舰队相对于美国舰队另外一个薄弱的环节在于潜艇部队，要知道，为了配合这次行动，美国舰队集中了超过40艘潜艇担任侦察和警戒任务！甚至于原本不少用于执行破交的潜艇都被抽调过来。但是日本海军是绝对不可能在这么短时间里凑出如此数量的潜艇部队的，先不说大部分潜艇同样在数千公里之外执行破交任务，美国人都需要数周时间来安排和部署这些潜艇，日本舰队又如何能在几天之内收拾妥当呢？于是，日本人能调动的潜艇也只有停泊在联合舰队总部的十几艘潜艇。
于是这些舰队加上部署在塔劳群岛的2个陆基水上飞机中队和3个轰炸机中队就构成了日本联合舰队在这次苏拉威西海大海战中的全部力量。
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