冬十一月，工部侍郎张昺为北平布政使，感谢贵、张信掌管北平都指挥使司，监察燕国阴谋。下诏求直言，推举山林才德之士。十二月癸卯日，何福破斩刀干孟，麓川平定。这个月，赐给天下第二年田租的一半，释放黥军和囚徒回乡里。这一年，暹罗、占城进贡。
建文元年春正月癸酉，受朝廷，不奏乐。庚辰，在京城南郊大祭天地，供奉明太祖配。修著了《太祖实录》。
同年二月，追尊皇考曰孝康皇帝，庙号兴宗，母亲常氏曰孝康皇后。尊母妃吕氏说皇太后，册妃马氏为皇后。封其弟朱允熥为吴王，衡王朱允煌，允熙徐王。立皇长子朱文奎为皇太子。
下诏布告天下，推举贤人。赐民高年米肉丝帛，鳏寡孤独废疾者官府为养。重农桑，兴学校，考察官吏，赈济遭灾贫民，旌表节孝，掩埋尸骨，免除荒田租。卫所军户绝后的除去不勾。
下诏诸王不得节制文武吏士，重新制定内外大小官制。三月，释奠先师孔子。
罢除天下诸司不急办事务。都督宋忠、徐凯、耿瓛率兵驻扎在开平、临清、山海关。调北平、永清二卫兵于彰德、顺德。
侍郎暴昭、夏原吉等二十四人充任采访使，分别巡行天下。甲午，京师地震，求直言。
夏四月，湘王朱柏自焚而死。齐王朱、代王朱桂有罪，废为庶人。派遣燕王世子朱高炽及其弟朱高煦、朱高燧返回北平。
同年六月，岷王朱楩有罪，废为庶人，徙漳州。十八日，燕山护卫百户倪谅向上变，燕旗校在谅等人被杀。下诏责备燕王朱棣，逮捕王府官僚。
北平都指挥张信叛乱归附燕王。秋七月十八日，燕王朱棣起兵反叛，杀布政使张昺、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振、教授余逢辰死的。
参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等人投降燕王。指挥马宣败走蓟州，俞稠败走居庸关。宋忠赶往北平，听说兵变退守怀来。通州、遵化、密云相继投降了前燕。丙子，燕兵攻陷蓟州，宣战而死。己卯，燕兵攻陷了居庸关。甲申，又攻陷了怀来，宋忠、俞填被俘而死，都指挥使彭聚、孙泰奋力作战而死，永平指挥使郭亮等叛降燕军。
壬辰，谷王朱穗从宣府逃奔京城。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率领军队讨伐燕国。
祭告天地宗庙和社稷，削除燕王名册。下诏说：“国家不幸，骨肉周亲多次谋逆。
去年，周庶人朱啸图谋不轨，牵连燕、齐、湘三王。
我因为爱自己的亲人，所以，纠正朱啸之罪。今年齐王谋反，又和棣、朱柏同谋，柏被罪自焚而死，朱已被废为庶人。
我以为朱棣在亲最近，没有彻底追究这件事。现在竟然举兵造反，危害国家，得罪了天地祖宗，义不可赦免。因此简发大军，去实现其惩罚。咨询我中外人民军士兵，各怀忠守义，与国家同心，扫除逆气，达到长治久安。”
不久命安陆侯吴杰，江阴侯昊高，都督耿琳，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。设平燕布政使司在真定，尚书暴昭掌管事务。