军政部排序在参谋部之后，下设人事处、敌工处、纪检处、保卫处等部门。敌工处顾名思义，主管对敌工作，包括处置俘虏、策反敌人、情报获取等。
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军政部敌工处与参谋部侦察处工作职能上存在重叠，这也是杨烜有意为之。搞情报工作，权力容易失控，进而反噬母体，故而需要分权。
另外，情报工作极其重要，惹有疏忽，关乎战局成败。同时设置侦察处、敌工处，可以形成某种程度的竞争、查漏补缺，完善情报工作。
大体上，参谋部侦察处主要侧重于军事侦察，尤其重视交战前线的侦察。军政部敌工处主要负责策反敌人、处置战俘、防范间谍、肃清内奸等工作。
就职权上讲，敌工处的权力明显大于侦察处。
后勤处除了负责保障军饷、粮草、弹药，还要负责打造军械、铸造火炮、制作火药、修理战船等工作。相比参谋处、军政处，后勤处的人员更为庞杂，工作更为具体。
除了参谋、军政、后勤三大机关，总司令部还下设很多直属单位，比较重要的有办公厅、近卫营、军法处、宪兵队、讲武堂、教导队等。
办公厅是总司令部的协调机关，对总司令负责。但凡召集开会、确定总司令行程等工作，多由办公厅承办。
近卫营编制五百人，负责保卫总司令部，位置极为紧要，首任营长为杨烜亲信徐作新。
军法处负责制订军事条例、审判重大军事案件等工作。
宪兵队负责维持军纪，执行军法处的裁决。
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讲武堂负责研究军事理论，培训正营级以上军官，相当于黑旗军的军校，侧重于战略教学。杨烜亲自负责讲武堂的工作。
教导队专门负责轮训副营级以下军官，侧重于战术教学。
师、团一级司令部，参照总司令部设置，但机构、人员更为精简。
三、实行官兵平等。
官兵平等包括政治上、经济上的平等，军官爱护士兵、士兵尊重军官，团结互助，同甘共苦，增强军队凝聚力。
鉴于黑旗军队伍壮大，饷银耗费大，杨烜决定进一步压缩津贴。普通士兵津贴不变，仍为每月一两银子。班长以上骨干，津贴在原有基础上减少。杨烜为总司令，饷银最高，为二两银子。
这样一来，从士兵到最高统帅，津贴变化不大，官兵在经济上趋于平等。士兵津贴一两银子，与最普通的绿营兵相当。
但黑旗军的伙食、衣服等费用都由公费开支，官兵家眷也都由后勤部统一供养。官兵的津贴成了纯收入，实际收入比绿营士兵略高一些。
除了津贴，黑旗军军官在衣、食、住、行上都与士兵保持一致。士兵吃什么，军官就吃什么。行军宿营，军官与士兵一样挤在大通铺里。所有人不得乘轿，不得吸食鸦片。
黑旗军官兵在政治上也是平等的。军官不得打骂体罚士兵，上级军官对下级军官亦不能打骂体罚。官兵犯有错误，主要通过两种途径制裁：
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