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情节严重的，军法论处。犯多大的错，治多大的罪，由军法处独立裁判；情节较轻的，批评教育。上级不能徇私包庇下级，下级亦不及诬告上级，凡事以军法为准绳。
士兵有功，可以提拔为士官，士官可以逐级晋升为士官长。士官长辅助连长、营长管理部队，在基层部队有着不容忽视的影响力。
特别优秀的士兵，可以破格提拔为军官。譬如李秀成的侄子李世贤，才加入黑旗军不久，却因表现优异，被提拔为排长。
士兵提升为军官，通常离开原来的连队，到其他营连任职。李世贤原是近卫连的战士，超拔为排长后，到步兵一团任职。
四、发扬军事民主。
华夏传统军队，通常由主帅独断专行。这可以提高工作效率，却不利于集思广益。主帅一旦犯错，轻则损兵折将，重则危及战局。此外，主帅专断，容易把持兵权，尾大不掉。
清朝为了把控兵权，通常由中枢简派钦差大臣，从各省抽调军队，交由钦差大臣临时指挥。皇帝通过军机处，遥控战局。
这种指挥体制已经完全落伍，早在第一次鸦片战争中便暴露出无数弊端。太平军兴，清廷不思进取，仍然沿用这种落后的指挥体制。
杨烜创造了司令部制度，完善了指挥体制。在部队层面，则充分发扬军事民主，提高部队凝聚力。
营、连一级成立军人委员会，通常由副营长、副连长担任委员会主任，士官长担任副主任。军人委员会定期召开会议，就部队管理、伙食、战术等问题展开讨论。讨论结果不具有执行力，供营长、连长参考。
总司令部，师、团司令部成立执行委员会，简称执委会，由总司令、师司令、陆师团长、水师支队长担任执行委员会主任。副司令、副团长、副支队长为执行委员会副主任，参谋机关、军政机关、后勤机关负责人为委员。
如果说司令部是部队的领导机关，执委会则相当于司令部的领导机关。但凡部队重大事项，都由执委会讨论决定，交由主任签发。情况紧急时，由主任临时专断。
营、连一级参照设立执行委员会，由军官、士官长组成。
设立执行委员会、军人委员会，可以在制度层面保证军事发主。
五、黑旗军要履行多种职能。
除了行军打仗，还要组织政府、平均地权、开矿设厂、大办学校、宣传教育等。
譬如，黑旗军攻占南宁，就要组织军政府。为了提高效率，政府应由军队接管，采取军政府的形式。
要实行“均田免赋”，就要把地主的土地平分给农民。这就要统计人口，测量土地，设计分地方案。这些工作，也只能由军队来承担。
再譬如，要大办学校，但一时招募不到许多合格教师，就要组织教学培训，从军中选拔教学骨干，从民间遴选优秀知识分子，把民间知识分子培养成合格教师。