现在国家也有钱了，钱多到把国库都装满了，还又建了好几十个仓库。神宗皇帝非常高兴，写了一首四言诗，共八句话：“五季失图，猃狁孔炽。艺祖造邦，意有惩艾。爰设内府，基以募士。曾孙保之，敢忘厥志。”便把这三十二个字作为每一座库房的名称，储蓄变法所得，号“元丰库”。很快这三十二个库就又装满了，神宗皇帝又写了首五言诗，共四句话：“每虔夕惕心，妄意遵遗业。顾予不武资，何日成戎捷。”再度增设二十库，每字为一库名。把国库装满，这是大宋建国百年来几代帝王的夙愿，如今在神宗皇帝的治下实现了。
这给了神宗皇帝十足的信心，他坚信王安石的变法是对的，他也自信已经学会了王安石的治国理政方略。神宗皇帝不希望再听到有人对新法说三道四，他希望下一阶段的变法按照他的意见，由他本人独立领导完成，发生“乌台诗案”这样的事件就不足为奇了。然而，国库里充满了钱并不表示国家就实现了美政。没有监督与每时每刻的纠偏，国家治理就会偏向一方，以至于随时间越偏越远，甚至最终走向万劫不复。如果这时他能把司马光召回来，听听不同人的意见，综合一下各派意见，宋神宗皇帝一定可以成为一个更加伟大的皇帝。可他没有这么做，不仅没有，他还打算通过一系列官制改革让批评的声音彻底消失。
元丰二年（1079），李清臣上奏指出：“本朝官制踵袭前代陈迹，不究其实，……官与职不相准，差遣与官职又不相准。”要求进行改革。
李清臣所说的确实是一个大宋朝的重疾，大批的科举取士、恩荫，造成了大量的冗官无法安排。以致于任官制度有官、职、差遣三个体系，且叠床架屋。官，源于唐三省六部制的职事官系统，官名用于表示官位、俸禄高低，故又称寄禄官，如礼部侍郎、工部尚书之类。职，又分馆职和贴职。馆职指官员在三馆、秘阁中所任职务，如秘阁校理、直史馆。其他官兼馆职，称贴职。贴职一般为文官荣誉头衔，他们并不去馆阁任职，如天章阁待制知湖州、龙图阁直学士知淄州等。差遣是实际职务，如知黄州、权知开封府。大量冗官造成了看其官名都不知道他实际在做什么，如将作监丞通判淄州，需要知道将作监丞是官职，按此领俸禄，通判淄州才是差遣，那他应该就在淄州官府办公。
李清臣提出的问题确实切中了大宋时弊，而神宗皇帝打算进行的再彻底一些。他打算把谁都管，谁都不负责的部门进行裁撤；把只提意见，不给措施的部门地位降低；把中书省、门下省、尚书省的职能恢复。神宗皇帝其后进行的官制改革，史称“元丰改制”。